(양도소득세, 주식의 포괄적 교환) 증권계좌 기준인가 아니면 사람 기준인가?

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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이번 2월은 2023년 하반기 양도분 주식의 양도소득세 예정신고 · 납부 및 증권거래세 신고 · 납부의 달입니다. 혹시 ‘세법상 대주주 기준이 10억 원에서 50억 원으로 바뀌었다’ 라는 뉴스를 보셨나요? 규정이 바뀐 것은 맞지만, 그게 언제부터 적용되는지를 반드시 확인해야만 합니다. 그 내용이 아래에 있어요.

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또, 유가증권시장, 코스닥시장, 코넥스시장에 상장된 주식의 양도소득의 경우, ｢소득세법｣상 ‘대주주’만 주식 양도소득세 납세의무를 부담합니다. 다만, 장외거래(여기서 ‘장외’란 ‘한국장외시장(K-OTC)’을 말하는 것이 아님) 상장주식은 소액주주도 양도소득세 납세의무를 부담하는데요 역시 아래에 그 내용이 있어요.

출처 : 국세청 홈페이지

오늘은 ‘주식의 포괄적 교환 과세이연 특례’ 관련 코스닥시장에 상장된 주식의 양도소득세 사례 1건을 보려 해요. 언뜻 오늘의 세금사례를 보시고, 주식 양도소득세에서 앞뒤 맥락 없이 ‘항상 선입선출법이 맞다’ 또는 ‘아니다 무조건 후입선출법이 맞다’, ‘둘 다 틀렸다! 개별법만 옳다’ 이런 판단을 하시면 안 된다는 말씀을 먼저 드립니다.

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지난 달인 올해 1월에 조세심판원 결정이 있었습니다.

​A씨는 위와 같이 코스닥 상장주식을 취득 및 양도하고 2020년 양도분에 대하여는 양도소득세를 신고하지 않았고, 2021년 양도분에 대하여는 양도소득세를 신고했습니다. 2020년 양도분은 2019년말 현재 대주주요건에 미달했기 때문이고, 2021년 양도분은 2020년말 현재 코스닥 상장주식의 대주주요건 중 시가총액 요건을 충족했기 때문이었어요.​

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위 2021년 양도분 상장주식 양도소득세 신고에서 A씨는 ‘과세이연’ 특례가 적용되는 20주가 이미 2020년 양도분에 포함되었고, 2021년 양도분에는 포함되지 않았다고 보아 ‘선입선출법’에 따라 취득원가를 산정하고 양도차익을 계산했습니다.

​그러나, 과세관청은 “그게 무슨 소리입니까? 2020년 양도분 100주는 을 증권계좌에서 매매가 되었는데, 모두 2020년 취득분으로 을 증권계좌를 통해서만 취득된 주식입니다. 그러므로, 위 20주(포괄적 주식교환으로 취득한 주식, 아래에서는 “특례주식”이라고 해요)는 2020년이 아닌 2021년 양도분에 포함된 것입니다.” 라고 판단했어요.

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“증권계좌대로 따져봅시다!” 라는 말이죠? 위와 같은 판단에 따라 2023년에 과세관청은 A씨 앞으로 가산세가 포함된 양도소득세 납세고지서를 보냈고, 이에 불복한 A씨는 심판청구를 제기했습니다. 양 쪽 주장을 아래 표로 확인해 보시죠.

​너무나도 당연한 얘기지만 A씨의 주장대로 2021년 양도분 양도소득세를 계산하면 과세관청의 주장대로 계산했을 때보다 세액이 적게 계산된 상황입니다. 만약, 거꾸로 세액이 계산되었다면 A씨는 저렇게 신고를 안 했을 가능성(이건 알 수가 없겠죠?)이 있고, 과세관청은 절대로 이렇게 과세할 수 없었겠죠?

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세금사례는 구체적인 사실관계마다 모두 다를 수 있다는 불변의 진리를 다시 한 번 말씀드리고 지나갑니다.

“사람을 기준으로 선입선출법에 따라 주식의 취득원가를 계산해야 한다”는 A씨 주장에 대해 과세관청은 “증권계좌별로 구분되어 개별법에 의하여 그 취득시기가 분명하게 확인되므로, 비과세가 적용되는 2020년에 양도된 100주는 2020년에 주식매수선택권 행사로 취득한 100주임이 명백하다(특례주식이 포함되지 않았다).” 라고 하면서

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“A씨가 2017년 코스닥 상장 전 주식의 포괄적 교환을 통해 취득한 특례주식을 포함한 주식은 A씨의 갑 증권계좌에 입고되었다가 보호예수가 종료된 2021년 3월 이후 양도된 사실이 A씨의 제출자료 등을 통해 확인된다.

​“그러므로, A씨가 주장하는 선입선출법 적용은 ‘취득시기가 분명하지 아니한 경우에’만 적용하는 것으로서, 명백하게 취득시기가 확인되는 이번 사건에서는 이를 적용할 수 없다.” 라고 주장했습니다.

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과연 결과는 어땠을까요? (오늘 사례는 ｢조세특례제한법｣ 제38조(주식의 포괄적 교환 · 이전에 대한 과세특례) 규정이 직접 적용되고 매우 중요한 판단근거가 됩니다)

​① (전략) 주식의 포괄적 교환 등에 대한 과세특례는 기업 구조조정 지원을 위한 세법상 혜택으로, 주식을 처분하는 등의 사유가 있으면 과세특례를 조기에 중단할 필요가 있고, 이러한 점을 고려하여 ｢조세특례제한법 시행령｣에서 과세이연이 중단되는 시점을 세부적으로 규정한 것으로 보이므로,

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② 동일한 회사가 발행한 특례주식과 그 밖의 주식을 함께 보유하다가 그 회사의 주식을 양도하면 특례주식을 먼저 양도한 것으로 해석하는 것이, 특례주식의 장기보유를 촉진하고 주식 양도시 과세이연을 조기중단하려는 취지에 부합하고,

③ 이와 달리 다른 방법으로 취득한 주식을 처분하였음에도 단지 특례주식을 보유하였다는 이유만으로 과세이연의 혜택은 계속 누리게 하는 것은 불합리해 보임. 또, 이번 사건과 조문체계가 유사한 지주회사(현물출자) 특례주식의 사안에서,

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④ 특례주식과 그 밖의 주식이 서로 다른 증권계좌에서 관리되어 특례주식이 실제로 양도되지 아니하였음에도 다른 주식의 양도시점에서 특례주식이 먼저 양도된 것으로 본 유권해석​(부동산거래관리과-99, 2012.2.13.)도 있는 사정 등을 종합하면​

⑤ 특례주식은 실제 양도시기(2021년)와 무관하게 다른 방법으로 취득한 주식이 양도된 2020년에 먼저 양도된 것으로 보는 것이 타당하다고 판단됨. 또한, ｢소득세법 시행령｣ 규정은 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는​

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⑥ 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다(선입선출법)고 규정하고 있는바, 위에서 본 바와 같이 2020년에 다른 방법으로 취득한 주식이 을 증권계좌에서 양도되었음에도 갑 증권계좌에 위탁된 20주(2017년에 취득하여 2021년에 양도)가 먼저 양도된 것으로 보아야 하고,​

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⑦ 이에 따라 양도주식의 실제흐름과 법령상 적용되는 내용이 다르게 되어 A씨가 양도한 주식 중 위 특례주식 20주를 제외한 나머지 주식은 증권계좌별로도 그 취득시기가 분명하지 아니하게 되었으므로 A씨의 주장대로 선입선출법에 의하여 취득시기를 구별하는 것이 타당해 보임

​A씨는 위와 같이 양도소득세 부과취소 결정을 받아 그 세금납부를 면하게 되었습니다.​

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먼저, 결정내용 ①의 대통령령 규정과 결정내용 ④에 나온 유권해석을 차례로 살펴볼게요.

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｢조세특례제한법 시행령｣ (2020. 12. 29.에 대통령령 제31295호로 개정된 것)

제35조의2(주식의 포괄적 교환 · 이전에 대한 법인의 과세특례)

④ (생략) 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

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부동산거래관리과-99, 2012.2.13.

내국인이 ｢조세특례제한법｣ 제38조의2(주식의 현물출자 또는 교환 · 이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례)에 따라 현물출자하고 취득한 지주회사의 주식과 그 외 방법으로 취득한 지주회사의 주식을 보유하던 중 그 일부를 양도하는 경우에는 주식의 현물출자로 취득한 지주회사의 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것입니다.

결정내용 ①에서 ‘과세이연(課稅移延)’이라는 말이 나왔습니다. 어려운 말이죠? ‘세금부과를 나중으로 미뤄주겠다’는 뜻인데요 ｢상법｣에서 정한대로 주식의 포괄적 교환을 하면 양도소득세의 특별혜택을 준다는 의미입니다.

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교환도 양도의 한 종류입니다. 교환 그 즉시 양도한 것이므로, 해당 반기(6개월)가 끝나는 달로부터 2개월 안에 당장 양도소득세 등을 신고 · 납부해야 합니다. 여기에서의 세금혜택은 ‘교환했음에도 특별히 아직 양도하지 않은 것으로 본다’예요. 분명히 엄청난 세금혜택입니다.

​하지만 언제까지 미뤄준다고요? 네, 그 교환으로 취득한 주식을 처분(양도)할 때까지입니다. 그런데 A씨가 그 특례주식을 처분하지 않고 계속 보유하고 있나요? 처분했습니다, 그렇다면 더 이상 위와 같은 과세이연 혜택을 누릴 수 없어요. 이 때, 만약 특례주식과 다른 주식이 섞여 있는 상황이라면

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결정내용 ②와 같이 ‘특례주식의 장기보유를 촉진하고 주식 양도시 과세이연을 조기중단하려는 취지’를 달성하고자, 위 ｢조세특례제한법 시행령｣ 내용과 같이 세법에 정한 것입니다. 오늘 사례에서는 결과적으로 A씨에게 세금측면에서 유리한 상황이 된 것일 뿐, 주가변동이나 대주주 요건 충족여부 등의 상황이 달라졌다면 반대로 A씨에게 불리할 수도 있었을 거예요.

증권계좌만 보면, 과세관청의 주장에 틀림이 없어요. 2020년에 100주를 을 증권계좌에서 취득해서 을 증권계좌에서 2020년에 양도한 것이 명백합니다, 특례주식인 2017년 취득 20주의 경우 보호예수 때문에 2020년에 양도할 수 없었던 것도 사실이고요. ‘취득시기가 불분명’했습니까? 매매날짜와 거래주식수가 명확합니다.​

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하지만, 결과는 어땠나요? 취득 및 양도날짜가 명확함에도 왜 결정내용 ⑦에서 ‘그 취득시기가 분명하지 아니하게 되었다’라는 결론으로 이어졌는지를 잘 살펴야 할 것입니다. 결정내용 ⑤의 “실제 양도시기(2021년)와 무관하게” 그리고 결정내용 ⑦의 “실제흐름과 법령상 적용되는 내용이 다르게 되어” 라는 부분에 주목해야 할 거예요.​

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포스팅 모두에 이어 다시 말씀드리지만, ‘선입선출법 vs 후입선출법’을 판단한 주식 양도소득세 사례가 아닙니다. 또한, ‘주식의 포괄적 교환’ 과세이연 쟁점이 포함되지 않았더라면, 오늘 사례와 결론이 달라질 여지는 충분히 있어요.

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오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.

(양도소득세) 증권사의 ‘후입선출’ 관리방식을 세금계산에서 인정할 수는 없습니다.

(최신, 양도소득세) 과점주주가 양도하는 ‘부동산과다법인 주식(기타자산)’에서 유의할 것이

 

 

“ 약은 약사에게,

세금은 세무사에게 ”

 

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