(최신, 부가가치세) 병원으로 사용할 것이 명백한데, ‘매입세액 공제’를 어떻게 해 줍니까?

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 매입세액 공제 관련 부가가치세 사례 1건을 소개해 드리려 해요.

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지난 달인 올해 3월에 조세심판원 결정이 있었습니다.

​A씨 등 3명은 2018년에 ‘부동산업/비주거용 건물 임대업’에 대한 사업자등록을 하고 같은 장소에서 의료시설 및 근린생활시설로 지하 ○층, 지상 ○층 규모의 건물 신축공사를 진행하면서 이와 관련하여

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2019년 제1기~2020년 제1기 중 세금계산서를 수취하였고 같은 과세기간의 부가가치세 신고에서 그 관련 매입세액을 공제 · 환급신청했습니다. 왠지 ‘의료시설’이 덜컹 걸리죠?

2020년에 과세관청은 A씨 등이 2015년부터 위 건물소재지 인근에서 병원을 운영하고 있고, 위 건물은 병원 용도로 신축된 후 해당 병원이 그 상당부분을 사용할 예정이므로 위 관련 매입세액은 면세사업 등에 관련한 매입세액에 해당한다고 보아

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매입세액 공제를 부인하고 가산세를 더하여 A씨 등 앞으로 부가가치세 납세고지서를 보냈습니다. 제가 여기까지만 읽어보고 생각났던 사례를 바로 아래에 소개해 드려요.

(최신, 부가가치세) 축산업 ‘허가증’이 없으니 ‘과세’사업자입니다만 그 건물은 ‘면세’용

축산업 허가증을 제출하지 못해 사업자등록을 과세사업자로 해 주었던 과세관청이, 정작 건물 신축에 따른 매입세액 공제를 신청하자, ‘그 건물 축사로 쓸거죠?’ 라고 하면서 면세사업에 공해지는 매입세액으로 보았던 사례를 말합니다. 오늘 사례와 얼마나 닮았는지 비교해 보시죠.

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A씨 등이 불복하여 심판청구를 제기하자, 과세관청은 위의 사례와 매우 비슷하게 “A씨 등은 먼저 매입세액을 공제한 후 실제 사용 면적이 확정된 과세기간에 사후정산하면 족하다고 주장하나, 우리 청에 제출된 신고 증빙서류 등을 살펴보면

​A씨 등은 부동산임대사업장과 병원을 동일시하고 있는 것으로 보이고, 법인 전환 등을 통해 건물신축 후에도 과세사업인 부동산 임대업을 계속하여 영위할 사업계획을 갖고 있다고도 주장하지만,

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그러한 주장은 미래의 확정되지 않은 계획에 불과하고 위 건물이 설계시점부터 병원용도에 적합한 구조로 설계하여 신축되고 있으며 병원이 위 건물의 상당부분을 사용할 예정인 사정에 비추어 보면, 불공제대상인 면세사업 등에 관련된 매입세액이 맞다.” 라고 주장했어요.

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닭이 먼저냐, 달걀이 먼저냐 하는 다툼을 보는 것 같습니다. 과연 조세심판원은 어떻게 결정했을까요?

① (전략) A씨 등 3명은 병원을 운영하는 자들이기는 하나, 별도의 부동산임대업을 영위하기 위하여 위 사업장에 대한 사업자등록을 하고 위 건물을 신축하고 있고,

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② 위 건물을 신축과 관련한 초기 계약 과정에서 발주자나 계약당사자에 병원 명칭을 기재한 사정이 있다고 하나 이를 들어 A씨 등이 부동산임대업이 아닌 면세사업인 병원업에 공할 목적으로 위 건물을 신축하고 있다고 단정하기 어려우며

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③ 이후 A씨 등은 자신들을 주주 및 임원으로 하는 별도의 법인을 설립하고 건설 중이던 위 건물을 양도하면서​​ 그 양도가액에 상당하는 세금계산서를 교부한 사정 등에 비추어 관련 매입세액이 면세사업과 관련한 것으로 보기 어렵다고 판단됨

​A씨 등은 위 건물 신축공사 관련 매입세액을 인정받았습니다.

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자, 의사가 병원을 운영할 건물을 신축했습니다. (병원은 부가가치세 신고대상이 아니지만, 신고했다고 가정하고) 부가가치세 신고에서 그 매입세액 공제가 표시되었어요. 매입세액 공제됩니까?

​그렇죠, 이 사실관계까지만 보면 매입세액 불공제가 정답입니다. 의사가 제공한 보건용역은 부가가치세 면제대상이기 때문에, 그 용역과 관련된 매입세액은 100% 불공제가 맞아요. 하지만 오늘의 사실관계는 어땠나요?

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별도로 부동산임대사업자를 등록했습니다. 그리고 아직 해당 건물의 병원(면세)매출이 발생 아니 본격적으로 병원 목적으로 사용하기 전 시점입니다, 이게 핵심이예요. 그렇다면 A씨 등의 주장처럼, 얼마든지 즉시 매입세액 공제했다가 병원매출 발행 후 정산할 수 있습니다.

​하지만, 과세관청에 계신 분이라면 이런 제 말을 ‘헛소리’라고 하실 가능성이 높습니다. 병원으로 쓸 건물이 빤~한데 先공제를 해 준다고? 하는 말씀일 거예요. 오히려 先불공제 후 과세사용 부분만 사후공제가 맞다고 하실걸요, 아마? 위 축사 매입세액 심판결정에서 과세관청도 똑같이 주장했었잖아요.​

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그러나 정말로 제 말이 헛소리라면, 위 결정내용 ③이 설명되지 않습니다. 만약, 위에서 보았던 축사 매입세액 공제사례를 보셨음에도 “부가가치세 면세 건물에 대해 세금계산서를 발행했다고 하니 그것도 별도 추징대상! ” 이라고 말씀하는 분이 계신다면?

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“ 설마 그것까지 세금 매기겠어?

네, 그것까지 세금 매깁니다 ”

 

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