(최신, 부가가치세) 축산업 ‘허가증’이 없으니 ‘과세’사업자입니다만 그 건물은 ‘면세’용도라서 매입세액 공제는 불가합니다.

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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추석을 하루 앞둔 오늘은 매입세액 공제 관련 부가가치세 사례 1건을 보려 합니다.

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3개월 전인 올해 7월에 조세심판원 결정이 있었어요.

​A회사는 2017년에 축산업(양돈)을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 과세관청에 면세사업자 등록을 신청하였으나, 과세관청은 A회사가 축산업허가증이 없다는 이유로 과세사업자로 사업자등록증을 교부하였다. 이 내용과 아래 내용을 잘 살펴봐 주시기 바라요.

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A회사는 2017년 제2기～2019년 제2기 과세기간 동안 위 양돈업 관련 종돈장 및 분뇨처리시설 건물을 신축하는 공사를 진행하였고, 관련 매입세금계산서를 수취하여 그 매입세액을 공제한 부가가치세를 신고했어요. 면세사업자라면 불가능했을텐데, 과세사업자라서 이렇게 신고한 것입니다.

​그러자 과세관청은 2020년에 A회사에 대한 부가가치세 환급 현장확인을 실시한 후, 위 매입세액은 전액 면세사업과 관련한 것이라며 해당 매입세액을 불공제하여 A회사 앞으로 가산세를 더한 부가가치세 납세고지서를 보냈습니다.

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으잉??? 면세사업자로 사업자등록을 신청했더니만 ‘축산업 허가증이 없네요’ 라면서 과세사업자로 사업자등록을 해 준 과세관청이 매입세액 공제를 두고는

​‘면세사업 관련이네요’ 라고 하면서 매입세액 공제를 부인하고 세금을 부과했다고? 어떻게 보셨나요? A회사 입장만 보자면, ‘이건 대체 어쩌라는거야, 뭐 장난하자는 건가?’ 충분히 이렇게 여길 수 있을 거예요.

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A회사는 불복하여 심판청구를 제기했고, 과세관청은 “사업자등록은 부가가치세 업무의 효율적 운영을 위하여 납세의무자의 사업에 관한 사항을 세무관서의 공부에 등재하는 절차일 뿐,

​사업자등록증의 발급이 해당 사업자에게 특정사업을 허용하는 것이라고 보기 어려우므로, 비록 A회사가 과세사업자라 하더라도 위 건물을 과세사업에 사용하였다고 볼 수 없고, A회사의 매입세액 전부를 공제하여야 한다고 보기 어렵다.” 라고 주장했습니다.

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과세관청의 주장은 ‘사업자등록만을 이유로 과면세를 판단할 수 없다’는 취지여서 납세자 입장에서는 받아들이기 어렵지만, 틀렸다고 볼 수만은 없어요. 조세심판원은 과연 어떤 결정을 했을까요?

​① 과세관청은 A회사의 정관 등에서 A회사가 면세사업을 영위할 것이 확인되므로 해당 매입세액을 불공제한 처분이 적법하다는 의견이나, A회사의 정관에서 확인되는 사업목적만을 가지고 위 건물이 면세사업에 사용될 것이라고 단정하기는 어려워 보이고,

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② A회사는 위 건물 공사 당시 축산업 허가를 받지 못한 상태였으며 위 건물에 대한 건축허가 취소소송도 제기되어 위 건물을 어떠한 사업에 사용할지가 명백하다고 보기 어려운 반면, 과세사업자 신분이었으며,

​③ A회사가 위 건물을 면세사업에 사용하는 것이 확인되는 때에 과세관청이 ｢부가가치세법｣ 규정에 따라 과세권을 행사할 수 있어 보이는 사정 등에 비추어

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④ 과세관청이 해당 매입세액을 불공제하고 A회사에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

​A회사에게 부과된 부가가치세는 부과취소되었습니다.

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납세의무자가 상속세를 신고하지 않거나 또는 상대적으로 낮은 기준시가로 신고했다가 그 상속세 부과제척기간이 모두 경과한 후에 해당 물건을 양도하고 양도소득세를 신고할 때에 그 취득가액을 높이기 위해 매매사례가액이나 감정평가액 등을 주장하면 어떻게 됩니까?

 

(최신, 양도소득세, 소급감정) 몰랐으니까, 세금이 이렇게 많이 나올 줄 몰랐으니까!

​사업자등록을 내고 종교시설로 사용하다가 나중에 수용되어서 보상금을 받아 양도소득세를 내야 할 상황이 되니, 1세대 1주택 비과세 적용을 받기 위해 사실은 종교시설이 아니라 주택이라고 주장한다?

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그 주장이 인정될 수 있을까요?

 

(양도소득세) 기도원 본당으로 사용한 거실을 제외하고는 모두 주택으로 사용했습니다.

​이러한 원칙은 과세관청에게도 똑같이 적용되는 것이 맞겠죠? ‘사업자등록증이 사업허가증은 아니다’ 라는 말은 틀림이 없습니다만, 사업자등록 때는 서류부족을 이유로 면세사업자가 아니라고 했다가

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과세사업자로서 매입세액 공제를 받으려니 면세사업을 영위할 것으로 예상되어서 공제가 불가능하다고 주장하는 것은 옳지 않다고 생각합니다. ※ 단, 실제로 면세사업을 한 것이 확인되었다면 얘기는 분명히 달라질 거예요.

​부가가치세 과세사업자는 매출세액을 거래징수하여 납부해야 하는 의무를 부담하는 대신에 매입세액 공제라는 혜택이 있습니다. 하지만, 면세사업자는 부가가치세액을 신고 · 납부하지 않는 혜택이 있는 대신 매입세액 공제는 불가능해요.

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매출세액 신고 · 납부만 하고 매입세액 공제는 안 된다는 말이니, 어찌 모순된다고 생각하지 않을 수 있을까요? 거기에 더하여 심판청구일까지도 A회사의 면세사업 매출이 아직 발생하지 않은 것 같습니다.

​그렇다면, 결정내용 ③과 같이 처리하는 것이 옳지, 과세관청이 주장했다는 ‘최종적으로 A회사가 위 건물을 직접 경영하는 것이 불가능하게 될 경우 즉 실제로 과세사업을 영위한다면, ｢국세기본법｣ 규정에 따라 후발적 경정청구의 절차에 따라 매입세액을 환급받으면 된다 ​’

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이렇게 처리하는 것은 명백히 잘못되었다고 생각해요. 굳이 ‘신의성실의 원칙’이나 ‘금반언(禁反言)’ 까지 얘기하지 않더라도, 어느 쪽이든 자신의 주장에 모순되는 측면이 없는지를 꼭 살펴주었으면 좋겠습니다.

 

 

“ 사례는 참고사항일 뿐,

성급한 일반화는 금물! ”

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