(최신, 취득세, 재산세) 주무관청이 거부 통지를 늦게 한 바람에 ‘직접 사용’하지 못한 거예요.

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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개인적으로 매우 특별한 성탄절을 보내게 된 오늘은 사회복지법인이 면제받은 지방세 관련 사례 1건을 보려 해요.

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3개월 전인 올해 9월에 감사원의 결정이 있었습니다.

​A법인은 2000년에 ｢사회복지사업법｣에 따라 설립된 사회복지법인으로서, 2015년에 토지와 건물을 증여를 원인으로 취득가액 ○○억 원에 취득하고, ｢지방세특례제한법｣에서 정한 ‘사회복지법인등에 대한 감면’ 규정에 따라 취득세 등과 2016~2018년의 재산세 등을 면제받았습니다.

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2019년에 과세관청이 현장조사를 실시한 결과, A법인이 위 토지와 건물의 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않고 있다는 사실을 확인하고 위와 같이 면제한 취득세 등과 재산세 등에 대한 납세고지서를 A법인에게 보냈어요.

​A법인은 “주무관청인 지방정부에게 위 토지와 건물의 기본재산 편입에 대한 정관변경 인가신청서를 제출하였으나, 해당 지방정부가 감면 유예기간(3년)이 경과한 후에야 기본재산으로 인정하지 못하겠다는 정관변경 인가신청 거부 통지를 하였기에

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위 토지와 건물을 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다.” 라고 주장했습니다. 납세고지 전에 과세전적부심사청구를 받은 과세관청은 A법인이 주장한 정당한 사유를 인정하지 않았어요.​

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A법인이 감사원에 심사청구를 제기했는데요, 과연 결과는 어땠을까요?

​① (전략) ｢지방세특례제한법｣ 규정에서 ‘정당한 사유’의 유무를 판단함에 있어서는 비영리법인에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어

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② 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상 · 사실상의 장애 사유 및 그 장애정도, 해당 비영리법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부,

​③ 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 함(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두20311 판결 등)​

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④ (중략) ｢지방세특례제한법｣ 규정에서 정당한 사유의 유무를 취득세의 면세요건으로 규정하고 있을 뿐이므로 이를 재산세의 면세요건으로 규정하고 있지 않기에

⑤ 유추 적용하여 엄격히 해석하여야 할 재산세 면세대상을 확대할 수 없다고 대법원이 판시(대법원 1984. 6. 26. 선고 83누709 판결, 대법원 2019. 1. 17. 선고 2018두57803 판결)하였으며,

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⑥ 현실적으로 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 법인 자체의 귀책사유로 인한 것이 아니고 정당한 이유에 기인되었다 하더라도 달리 해석할 이유가 되지 못한다고 대법원은 판시(대법원 1985. 11. 26. 선고 85누209 판결)하였음

​⑦ (중략) A법인은 위 토지와 건물을 수증한 후 곧바로 목적사업 변경 및 기본재산으로 편입 등을 내용으로 한 정관변경 인가신청을 주무관청인 지방정부에 제출하였는바 A법인이 이를 게을리 하였거나 이유 없이 이를 지체한 것으로 보이지 않고,

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⑧ (중략) 위 토지와 건물에서 작물 재배 등 실습장 활용을 위한 협정체결, 오수처리시설 보수공사 등 해당 부동산을 목적사업 용도로 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 평가할 수 있으며,

​⑨ (중략) 해당 지방정부는 A법인으로부터 2016년에 정관변경 인가신청서를 다시 제출(2차)받은 뒤로 2년 이상 어떠한 보완요구 등 아무런 통보도 하지 않다가 취득세 감면 유예기간(취득일로부터 3년이 되는 날) 만료 19일 전에야

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⑩ 정관변경 인가신청 거부를 통지한 것에는 행정관청의 절차 지연이라는 귀책사유가 있는 것으로 충분히 볼 수 있는 사정 등을 종합할 때 취득세 추징 예외사유로서 ‘정당한 사유’가 있으므로 취득세 등 부과처분은 부당하다 할 것임

​⑪ 다만, ｢지방세특례제한법｣에서는 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여만 재산세 및 지역자원시설세를 면제하겠다는 것이고 이 경우 ‘정당한 사유’가 있는지 여부를 예외적인 면제요건으로 규정하고 있지 아니하며

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⑫ 조세감면의 범위를 정하는 규정에 관하여는 엄격히 해석하여야 할 것인바, A법인이 과세기준일 현재 위 토지와 건물을 해당 사업에 직접 사용하고 있지 아니하므로 재산세 및 지역자원시설세 부과처분은 잘못이 없음

​A법인은 위 심사결정에 따라 취득세와 그 부가세에 대하여만 부과취소를 인정받았을 뿐, 재산세와 그 부가세는 기각결정을 받았으므로 기각 부분에 대하여 A법인의 선택에 따라 소송으로 가져갈 수 있습니다.

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다만, 아래 선례처럼 소송에서의 A법인의 승리를 장담하기는 쉽지 않다고 봐요.

(최신, 종합부동산세, 재산세) 캠퍼스 건물신축 계획 수립과 절차에 2년 정도 걸렸는데, 그것도

A법인 입장에서는 정말정말 억울할 것입니다. A법인 주장과 다르게 실제로는 3년 경과한 후가 아닌 경과 전 19일 전에 과세관청이자 주무관청인 지방정부가 거부통지했다는 사실이 위 결정내용 ⑨~⑩에 나오죠? 결정문에 다 나오지 않은 어떤 숨은 사정이 있는지는 제가 알 길이 없지만, 이런 사정에도 불구하고

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비록 세금을 직접 다루는 세무공무원은 아니지만, A법인의 정관변경 인가신청을 받아 처리한 주무관청의 업무 지연을 탓하는 것은 자연스럽다고 할 수 있겠죠?

비교적 보수적이라고 평가받는 감사원 심사결정에서마저 위 ⑨~⑩과 같은 결정내용을 명문화했다는 사정은 사회복지법인의 주무관청으로서 그리고 공무원으로서는 분명 반성해야 할 대목이라고 생각합니다.

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그럼에도 세법에 규정이 없다는 이유 때문에, (소송으로 나아갔는지 여부를 제가 모르니 현재로서는) 재산세 등을 추징당할 수 밖에 없는 A법인의 모습은 너무 안타깝네요.

 

“ 약은 약사에게,

세금은 세무사에게 ”

 

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