(법인세, 학교법인) 토지 매각대금을 모두 정기예금에 넣었으니, ‘고유목적사업에 사용’ 맞죠?

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 비영리법인 중 학교법인의 법인세 사례 1건을 살펴보려 해요. 학교도 법인세를 내야 하냐고 말씀하실 분은 안 계시겠죠?

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​올해인 2025년에 제1심 지방법원 판결이 있었습니다.

​A학교법인은 198N년에 토지를 출연받아 수익용기본재산으로 보유하며 부동산 임대사업에 사용하다가, 2014년에 교육감으로부터 수익용기본재산 처분허가를 받고, 2015년에 위 토지를 ○백억 원에 매도했어요.

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2016사업연도(2015.3.1.~2016.2.28.) 법인세 신고에서 A학교법인은 위 토지의 양도차익(매도가액 – 취득가액)을 수입으로 계상하면서 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 산입하였다가, 이를 정기예금에 예치하고 비영리사업회계로 전출하면서 고유목적사업에 지출한 것으로 보아 고유목적사업준비금과 상계처리했습니다. → 이게 도대체 무슨 소리예요?

​이 모습을 지켜본 과세관청이 2023년이 되어서 “위 토지 양도차익을 정기예금에 예치한 후 비영리사업회계로 전출한 사정만으로는 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다.” 라고 하면서 A학교법인 앞으로 2021사업연도분 ○십억 원짜리(※2025년에 취득가액 재산정으로 과세관청이 일부 감액함) 법인세 납세고지서를 보냈어요.

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이에 불복하여 심판청구 후 행정소송을 제기한 A학교법인은 “위 토지 양도차익을 비영리사업회계에 전입하여 그 원본은 금융기관에 예치하고 있고, 그 이자수입은 우리 학교법인의 고유목적인 학교운영자금으로 사용하고 있다.” 라고 주장했습니다.

 

비영리법인의 수익사업에서 소득이 발생했다면, 원칙적으로 영리법인과 똑같이 법인세를 내야 합니다만, 위에서 보시는 예외적인 경우에 한하여 법인세를 내지 않을 방법이 있습니다. 그럼, 언제 예외가 적용될까요?

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아래 규정에 나오듯이, 손금에 산입한 사업연도 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업에 모두 사용하면, 이 예외가 적용되어 수익사업소득임에도 불구하고 법인세를 합법적으로 안 내는 것입니다. 자, 수익사업소득을 고유목적사업에 사용해야 한다고 했죠?

A학교법인은 위 토지 양도차익이 포함된 매각대금 자체를 전부 금융기관 예금에 입금했고, 그 이자수익을 전부 학교 운영자금에 충당하면서 5년이 흘렀습니다. 이게 정말 세법상 ‘고유목적사업에 사용’입니까? 이 질문에 과세관청은 ‘No’를, A학교법인은 ‘Yes’를 각각 주장한 것인데요

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법원은 과연 어떤 대답을 해 주었을까요?

(｢법인세법 시행규칙｣ 제76조제4항후단의 ‘이 경우 ｢조세특례제한법｣제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.’ 부분은 소개 생략)

① (전략) ｢법인세법｣에서 이자소득을 올리는 것 역시 비영리법인의 수익사업으로 규정하고 있으므로, A학교법인이 위 토지 양도차익을 정기예금에 예치하여 이자소득을 올리는 것은 수익사업에 해당한다고 할 것임

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② 이와 같이 A학교법인은 위 토지 양도차익을 비영리사업회계에 전입할 당시부터 이를 이자소득을 위한 수익사업에 사용할 목적이었고 그 후 실제 이를 수익사업에 사용하였으므로 이는 명목상으로만 비영리사업회계에 전입한 경우에 해당한다고 할 것인바,​

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③ 위 토지 양도차익을 비영리사업회계에 전입하였다는 이유만으로 위 토지 양도차익이 고유목적사업에 사용되었다고 보기는 어려움​(대법원 2013. 3. 28. 선고 2012두690 판결 참조)

​④ (중략) ｢법인세법｣ 제29조 제5항 제4호에서 규정하고 있는 고유목적사업준비금의 ‘고유목적사업등에 사용’이라 함은 실제로 사용하는 것을 의미하고 단지 회계상 지출한 것으로 의제되는 경우는 여기에 포함되지 않는다고 보아야 함

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⑤ (중략) A학교법인이 위 토지 양도차익을 정기예금에 예치하고 그 이자수입을 학교운영경비에 사용하였다는 사정만으로 이를 고유목적사업에 사용하였다고 보기는 어려움

​A학교법인이 위와 같이 제1심 패소 후 항소를 제기하지 않아 사건은 그대로 확정되었습니다.

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얼핏 보면, 학교법인 입장에서는 법인세금이 매우 억울하게 느껴질 수 있어요. 수익사업(부동산임대업)에 사용하던 학교법인 소유의 땅을 팔아서 A학교법인이 그 돈을 무분별하게 막 지출했나요? 그렇지 않습니다, 금융기관에 맡겨 이자를 받았고 그 이자 역시 학교운영에 썼어요.

​사정이 이러하니, 대체 왜 ‘고유목적사업에 사용’이 아니라고 하는지 도무지 이해가 되지 않는다고 하실 수도 있습니다.

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먼저 생각할 것은, 법인의 이익을 구성원에게 분배하지 않는 것이 근본교리(?)인 비영리법인은 ‘구분경리’가 필수인데요, 이 때, 고유목적사업과 수익사업을 칼같이 나누어야만 합니다.

​그 다음으로 이자소득은 수익사업소득이라는 사실에 더해서, 분명히 세금을 내야할 수익사업소득인 부동산 양도차익을 예외적으로 ‘고유목적사업에 사용’이라고 주장하려면 단순히 ‘예금입금 + 그 이자를 고유목적사업에 사용’ 수준으론 곤란하다는 사실을 알 수 있었네요.

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오늘 살펴본 사례는 학교법인이 부동산을 매도한 경우인데요, 만약 부동산을 매도하지 않은 아래와 같은 경우라면 결론은 어떻게 될까요?

 

​오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.

(최신, 법인세) 비영리법인이 토지를 매각했다면 법인세를 내야할까요?

(최신, 법인세, 비영리법인) ‘고유목적사업’의 지출이라도 충분히 ‘수익사업’의 비용이 될

 

 

“ 약은 약사에게,

세금은 세무사에게 ”

 

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