(최신, 부가가치세, 매입세액) 공장건물을 매매하면 무조건 VAT가 붙는 거 맞죠?

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 건물매매에 따른 매입세액 공제와 관련된 부가가치세 사례 1건을 보려 해요.

 

 

3개월 전인 2020년 11월에 제2심 고등법원의 선고 후 상고 없이 확정되었어요.

​A회사는 소프트웨어 개발 및 판매업을 영위하는 법인으로, 2016년에 토지와 그 지상건물(공장)을 취득하고 소유권이전등기를 마쳤습니다. 총 매매대금 중에 토지대금과 건물대금을 매매계약서에 별도로 기재했어요.

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그리고 A회사는 위 부동산의 매도인으로부터 위 건물에 대한 세금계산서를 받고 그 매입세액을 공제하여 2016년 제2기 확정분 부가가치세 신고를 했습니다. 이 매입세액이 오늘의 쟁점이예요.

​약 1년 후인 2018년에 과세관청은 “어? 위 건물은 위 매도인이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용했었는데 건물가액 전체에 대하여 세금계산서를 받아 매입세액 공제를 했네요? 신고 잘못했습니다.” 라고 하면서

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A회사 앞으로 과세예고통지서를 보냈습니다. A회사가 신고서에 기재한 매입세액 중 약 99%를 추징하고 그에 따른 예상가산세까지 더해서 말이죠. 이에 A회사가 과세관청에게 과세전적부심사를 신청했는데,

​과세관청은 가산세 부분만 채택결정했을 뿐, 본세 부분은 기각하여 A회사 앞으로 부가가치세 고지서를 발송했습니다. 그러자 A회사는 이의신청과 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하면서

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“우리 회사는 위 매도인으로부터 위 건물을 매수하기 전에 위 매도인이 운영하는 공장 시설을 직접 살펴보고 HACCP 인증을 받은 것도 확인한 다음 위 매도인이 과세사업인 가공업을 영위하는 것으로 인식하여

​위 건물을 매수한 후 매매대금을 지급하였는 바, 우리 회사는 위 건물이 면세사업에 사용되었다는 것을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실도 없었으므로 건물매매대금 전체에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.” 라고 주장했어요.

‘A회사가 과실 없이 알지 못한 것’을 이유로 과적에서 가산세 부과가 되지 않은 것으로 이해되는데, 가산세를 넘어 본세까지 부과취소해 달라고 A회사가 주장한 것입니다.

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A회사의 주장을 두고 법원은 어떻게 판단했을까요?

​① (전략) 과세사업과 면세사업을 겸영하는 공급자가 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 재화를 공급함에 있어 면세사업과 과세사업에 각 사용된 비율을 안분함이 없이

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② 위 재화의 공급가액 전액을 기재하여 발급한 세금계산서는 그 필요적 기재사항 중 공급가액이 사실과 다르게 적힌 것에 해당하여 ｢부가가치세법｣ 규정에 따라 그 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다고 봄이 타당함

​③ 위 매도인은 과세사업인 냉동수산물 가공업과 면세사업인 수산물 도소매업을 겸영하던 사업자이고, 위 건물은 냉동수산물 가공과 수산물 보관 · 판매 등을 위한 시설로 사용되었으며,

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④ 위 매도인의 2016년 1기 과세매출은 총 매출의 약 1%, 면세매출은 총 매출의 약 99%였던 사실을 인정할 수 있는데, 그러한 인정사실에 의하면, 위 건물은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 재화로

​⑤ 건물 공급가액에 위 매도인의 직전 과세기간 과세된 공급가액의 비율을 곱하여 계산한 금액만 과세 대상이라고 할 것인데, 위 세금계산서는 그와 달리 건물 매매대금 전액을

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⑥ 공급가액으로 기재하여 발급되었으므로 이는 ｢부가가치세법｣ 규정에서 정한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에 해당함

​⑦ 나아가 위 건물이 면세사업에 사용되었다는 것을 알지 못한 데에 과실이 없었다는 A회사의 주장에 관하여 보더라도, A회사는 위 매도인으로부터 위 세금계산서를 발급받으면서 위 매도인의 사업자등록증도 함께 전달받았는데,

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⑧ 위 사업자등록증에는 면세사업에 해당하는 ‘도소매업(수산물)’이 기재되어 있고, 위 건물에 설치된 창고, 절삭기 등의 설비는 단순한 냉동보관시설이거나 원생산물 본래 성질의 변화를 초래하지 아니하는 기본적인 가공설비에 불과하며,

​⑨ HACCP 인증이 과세상품에 대하여만 이루어지는 것은 아니어서 위 매도인이 해당 인증을 받았다는 사정만으로 면세사업을 전혀 영위하지 않았다고 단정할 수 있는 것도 아닌 사정 등에 비추어 보면,

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⑩ A회사가 제출한 증거만으로는 A회사가 위 매도인이 면세사업을 영위하고 위 건물이 면세사업에 사용되었다는 것을 알지 못한 것에 대하여 A회사에게 과실이 없었음을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없음

​A씨는 두 번의 재판에서 모두 과세관청에게 패소했습니다.

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“거래상대방이 세금신고한 상황까지 어떻게 다 알고 거래하느냐? 면세사업의 비중이 99%나 된다는 사실을 우리 회사는 알지 못했다. ”

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본세 만큼은 그러한 무지(無知) 또는 선의가 인정되지 않았거나 또는 그에 따른 잘못이 A회사에게 있다고 판정받았네요.

​판결문에서 ‘A회사가 알지 못한 것에 과실이 없다고 할 수 없다’ 라고 하고 있으니까, 그 뉘앙스가 마치 A회사가 알지 못한 것에 과실이 없다면, 매입세액 공제가 가능한 것처럼 반대해석될 여지가 있어 보이는데요 저는 그렇지 않다고 생각합니다.

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저는 A회사가 과실 없이 알지 못했다고 하더라도 매입세액 공제대상이 아니라고 생각해요. 부가가치세 본세에까지 무지 또는 민사법상 선의 · 무과실이 영향을 미쳐서는 안 된다고 생각합니다.

과세대상인 줄 알지 못했다고 세금 자체를 면할 수는 없는 것이니까요.

​가령, 주택을 매매하려면 매수인 입장에서는 그 주택의 임차인이 누구인지, 전세인지 월세인지, 보증금과 월세액은 얼마인지 등을 다 파악한 다음에 그 주택을 거래해야겠죠?

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부가가치세 측면에서도 마찬가지입니다. A회사는 매수 당시 일단 공장이라는 것과 사업자등록증 상에 ‘도소매업(수산물)’이 기재된 것 등 기본적으로 이 2가지는 분명히 알았을 거예요.

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그렇다면, 그 건물이 과세사업에 사용되었는지 아니면 면세사업에 사용되었는지에 대해 세무적으로 반드시 확인했어야만 합니다. 몰랐다는 주장이 통할 수 없는 것이죠.

​공장건물을 매매하면 무조건 부가가치세 과세대상이다? “따져봐야 알 수 있다” 가 정답입니다. 과세인데 면세로 처리해도 또는 면세인데 과세로 처리해도 모두 잘못이라는 것을 꼭 알아야 할 거예요.

 

 

실무적으로는 오늘 사례와 반대로 과세대상 건물매매에서 부가가치세에 대한 고려를 하지 않고 그 세무신고도 하지 않아서, 몇 년 후에 매도인 앞으로 부가가치세 고지서가 날아가는 사례도 꽤 많습니다.

 

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" 책을 한 권만 읽은 사람이

제일 무섭다 "

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