(취득세, 이중과세) 과점주주 ‘간주취득세’와 ‘취득세’는 서로 다른, 별개의 과세대상입니다.

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 이중과세 여부를 두고 다툰 취득세 사례 1건을 살펴보려 해요.

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올해인 2025년 9월에 조세심판원 결정이 있었습니다.

경정청구 거부처분에 C회사가 불복하여 심판청구를 제기하자 과세관청은 “과점주주 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지 않았더라도 임의 처분하거나 관리 · 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 재산의 주식 비율만큼 취득을 의제하여 과세한 것이고,

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법인합병에 따른 취득세는 존속법인 또는 신설법인이 상법상 합병이라는 절차를 통해 소멸한 피합병법인으로부터 자산양도(현물출자)를 받아 그 재산의 완전한 소유권을 취득함에 따라 과세한 것이다.” 라고 하면서

​“㉠취득세(간주취득세)와 ㉡취득세는 그 과세근거와 과세기준일 등이 서로 다른 별개의 취득세 신고납부 대상에 해당된다고 판단되므로, 이중과세로 볼 수 없다.” 라고 주장했습니다.

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A회사와 과세관청 양 쪽 주장 모두 일리가 있어 보이네요. 과연 조세심판원의 결정은 어땠을까요?

① (전략) A회사가 B회사의 주식을 취득함과 동시에 ｢지방세법｣상 B회사가 소유하고 있었던 부동산(토지)을 취득한 것으로 간주된다고 할 것임

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② 따라서, C회사가 2021년에 A회사를 합병함으로써 ‘민사법적’ 의미에서 실제 부동산의 소유권을 취득하게 된다고 하더라도, ｢지방세법｣상 C회사(합병前 A회사)가 이미 취득하여 소유하고 있는 것으로 간주된 부동산을 2021년에 다시 취득한 것으로 볼 수는 없다고 봄이 타당하고,

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③ ｢지방세법｣에서 정한 과점주주 간주취득세 조항은 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있으므로, C회사와 같이 ｢지방세법｣상 부동산을 취득하였다고 볼 수 없는 경우에는 취득세 납세의무가 성립할 여지가 없다고 할 것임

​④ 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리 · 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로,​

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⑤ 그럼에도 불구하고 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당함(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81257 판결, 조심 2021지2347, 2022.10.6. 등, 같은 뜻임)

C회사는 위와 같은 심판결정(‘취소’ 결정)에 따라 ㉡취득세를 되돌려 받게 되었습니다.

소개를 하지 않은 과세관청 주장 중 “적격합병에 따라 부동산을 취득하는 경우에는 등록만을 필요로 하는 취득으로서 무상취득세율(3.5%)에서 중과기준세율(2%)을 뺀 세율(1.5%)만을 적용하도록 규정하고 있으므로 ㉠취득세와 ㉡취득세를 이중과세로 볼 수 없다.” 이것도 있었지만 결과는 같았어요.

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얼핏 보면 과세관청의 ‘서로 다른 별개의 취득세 과세대상이다’ 라는 주장도 일견 옳은 것처럼 보이지만, 결론은 결정내용 ④~⑤에 나온 대법원의 이중과세 법리가 인정되었네요(‘우와, 세상에 이게 이중과세가 아니라는 과세관청은 도대체 무슨 자신감이야?’ 하면서 힐난할 성격은 아니라고 봅니다).

​이중과세 판단 다음에 납세의무의 선후(先後)관계도 주목할 필요가 있습니다. 먼저 성립한 간주취득세 납세의무가 적법 · 유효하고, 그 후의 직접 취득세가 취소대상인 이중과세였어요. 비교해 볼 수 있는 사례가 바로 결정내용 ⑤에 나온 조심 2021지2347, 2022. 10. 6. 사건(‘기각’ 결정)입니다.

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청구법인이 ‘간주취득세’를 취소해 달라고 심판청구 했었지만, 조세심판원은 “과점주주 간주취득이 먼저 이루어졌고, 법인의 합병에 따라 실제로 부동산을 취득한 것은 나중이므로, (직접 취득) 취득세에 대하여 추후 경정청구 절차 등을 통해 구제받는 것은 별론으로 하더라도 과점주주 간주취득세 부과처분은 달리 잘못이 없다.” 라고 했거든요.

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오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.

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“ 설마 그것까지 세금 매기겠어?

네, 그것까지 세금 매깁니다. ”

 

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