(종합소득세, 벤처기업 주식매수선택권) 회사가 서류를 제출하지 않았으니, ‘비과세’ 안 됩니다.

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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추석연휴를 보내고 돌아온 오늘은 주식매수선택권(Stock Option) 관련 종합소득세 사례 1건을 살펴보려 해요.

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올해 7월에 조세심판원 결정이 있었습니다.

​우선, 왜 이런 세금 다툼이 있었는지를 알려면, 세법 규정을 먼저 살펴야 해요.

｢조세특례제한법 시행령｣ → 2025년 현재의 규정을 소개해 드립니다.

제14조의4 (벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례)

③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 제10항에 따른 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 “주식매수선택권 행사주식지급명세서”라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 “특례적용대상명세서”라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.​

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스탁옵션을 행사한 임직원의 회사에게 일정한 의무를 지우고 있습니다. 이 규정에 대한 오늘 사례를 같이 보시죠.

​2015년부터 2023년까지 약 7년 ▢개월 동안 B회사에서 근무했던 A씨는 재직중이던 2019년에 B회사 주주총회 결의로 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣ 규정에 따른 주식매수선택권 ○만주를 부여받아 그 중 ○천주를 2022년에 행사했습니다.

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그래서, 총 행사차익 중 일부에 대하여는 ｢조세특례제한법｣상 ‘벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례’ 규정(법 제16조의2)에 따른 비과세특례를 적용하고, 나머지에 대하여는 위에서 말씀드린 ｢조세특례제한법｣상 ‘벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례’ 규정​(법 제16조의4)를 적용하고자

​B회사에 과세특례신청서를 제출하였으나, 본인의 2022년귀속 종합소득세 신고에서 이를 반영하지 않았어요. 2024년이 되어서 A씨는 과세특례를 적용하지 아니한 사실을 확인하고 과세관청에게 이를 반영하여 과다납부한 2022년귀속 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기했습니다.

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하지만, 과세관청은 “A씨가 위 과세특례 요건을 충족한 것은 수긍하지만, 과세특례신청서를 제출받은 B회사가 위 ｢조세특례제한법 시행령｣ 규정에 따른 기한 내에 자료제출의무를 누락하였으므로 A씨에게 위 과세특례를 적용할 수 없다.” 라면서 경정청구 거부처분했어요.​

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A씨가 불복하여 심판청구를 제기한 오늘 사건의 결말은?

​① A씨가 주식매수선택권 행사일(2022년) 전일까지 금융기관에 주식매수선택권 전용계좌개설을 신청하고, 특례적용신청서에 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 B회사에 제출한 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없어 보임 → 과세관청도 A씨는 요건을 충족했다고 인정했죠?

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② (중략) B회사도 A씨의 과세특례 적용을 신청받은 후 2022사업연도 법인세 신고에서 해당 주식매수선택권 행사차익을 손금불산입하여 법인세를 신고함으로써​ 주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식의 양도차익에 대하여 양도소득세 납부를 선택하려는 A씨 및 B회사의 의사표시가 있었다고 추정해 볼 수 있음

③ 주식매수선택권을 행사한 임직원이 과세특례에 필요한 절차를 이행하였음에도 회사가 기한 내 이를 이행하지 아니하였다는 이유로 과세특례 적용을 배제하는 것은 벤처기업의 우수인력 유치 지원이라는 과세특례 취지를 감안하면 다소 불합리해 보이고,

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④ 그 밖에 기한 후 신고 등 납세자의 세법상 의무 미이행 시 조세특례의 적용배제를 규정한 ｢조세특례제한법｣ 조항(법 제128조)에서 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 조항들(법 제16조의2~4)을 열거하고 있지 아니하는 등 A씨의 주식매수선택권 행사이익에 대하여 과세특례를 적용함이 타당함

A씨는 위 과세특례를 적용하여 2022년귀속 종합소득세를 환급받게 되었습니다.

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A씨가 임직원 요건, 적격주식매수선택권 요건 및 과세특례 신청 요건을 모두 충족했다는 사실에 양 쪽의 다툼이 전혀 없었어요. 그럼, 뭐가 문제죠? 네, 회사가 자료를 제출하지 않았다는 이유 딱 1가지입니다. 아래 유권해석 사례를 볼까요?

위 유권해석과 과세특례 규정의 취지를 감안한 결정내용 ③에 더하여 B회사의 법인세 신고내용까지 확인하여 ‘A씨 및 B회사의 의사표시 여부’를 Cross-Check한 조세심판원의 결정을 높이 평가할 수 있습니다. 또한, 과세관청이 서류미제출을 어떻게 판단했는지도 확인할 수 있었고요.

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다만, 주의할 것은 오늘 사례만을 보고 “세법상 요건만 갖추었다면, 서류제출이 제때 이뤄지지 않았더라도 모든 경우에 언제나 과세특례를 적용받을 수 있다.” 라고 함부로 예단해서는 안 됩니다. 결정내용 ④도 반드시 유의해야 해요.

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오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.

(종합소득세, 벤처투자) 소득공제 한도액은 반드시 ‘투자연도’를 따져야 합니다.

(최신, 부가가치세, 영세율) 꼭 ‘농어업경영정보’를 등록한 농민만 되는 겁니까?

 

“ 약은 약사에게,

세금은 세무사에게 ”

 

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