(부가가치세, 준공 後 매입세액) 6개월* 지나서 발급되었으니 공제가 안 됩니다.

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 매입세액 공제 관련 부가가치세 사례 1건을 살펴보려 해요.

*포스팅 제목의 ‘6개월’은 2022년 2월 14일 이전 공급분에 해당하는 규정이고, 2022년 2월 15일 이후부터 2025년 현재 적용되는 규정은 ‘1년’입니다.

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​지지난 달인 올해 6월에 조세심판원 결정이 있었습니다.

​A회사는 지식산업센터 및 근린생활시설을 건축하기 위하여 2018년에 시공업체와 건설공사 도급계약을 체결했습니다. A회사는 아마도 ‘기성고대로 세금계산서 받으면 OK!’라고 생각했을 것 같아요, 설마 부가가치세 매입세액 공제에 문제가 생길 거라고 생각이나 했을까요?

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하지만 아래에서 보시는 것과 같이, 건물이 완공(사용승인)된 후 공사대금 잔금에 대한 세금계산서를 받은 A회사는 공급시기가 사실과 다르다는 이유로 부가가치세 매입세액 공제를 인정받지 못했어요. 그러자, A회사는 시공업체에게 공급시기를 바꾸는 수정세금계산서를 ’21.11월에 받았습니다.

한편, ’21.12월에 A회사는 시공업체를 상대로 “시공업체가 ’20.7월에 똑바로 매출세금계산서를 발행해 주었더라면 우리 회사가 매입세액 공제를 받았을 것인데, 적법한 공급시기 이후에 발행해 주었기에 우리 회사가 손해를 입었다.” 라고 하면서 민사소송을 제기했어요.

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이 민사소송 사건에서 ’23.11월에 대법원은 “｢부가가치세법 시행령｣ 규정에 따라 나중에 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내이고, 과세표준수정신고서와 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하거나

​해당 거래사실이 확인되어 납세지 관할 세무서장 등이 결정 또는 경정하는 경우도 그 예외 중 하나로 정하고 있다.” 라고 하면서 “시공업체의 ’21.3월 세금계산서 발급행위와 A회사의 손해발생 사이에 상당인과관계가 있다고 본 원심의 판단은 매입세액 공제에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다.” 라고 선고(※ 포스팅일 현재 이 민사소송은 파기환송심 진행중)했어요.

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오호, 그래요? 이 판결을 받고서 A회사는 위에 나온 것처럼 2024년에 과세관청에게 경정청구를 했고, 과세관청이 거부하자 심판청구를 제기했습니다. 이에 과세관청은 “아유, 그러게 조금 더 빨리 수정세금계산서를 받지 그러셨어요. 최소한 확정신고기한 다음 날부터 6개월이 지나기 전까지는

수정세금계산서를 받았어야 했는데, ’21.11월에야 받았으니 ｢부가가치세법 시행령｣ 규정에서 정한 매입세액 공제가 인정되는 예외를 적용할 수 없습니다.” 라고 하면서 “착오로 공급일자가 잘못 기재된 것도 아니네요.” 라고 주장했습니다.

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과연 조세심판원의 결정은 어땠을까요?

① (전략) A회사는 해당 건물 사용승인일(’20.7월)이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한(’21.1.25.)의 다음 날부터 6개월 이내인 ’21.3월에 매입세금계산서를 발급받은 것으로 나타나고, 도급계약서, 건축물대장 및 대금지급 내역 등을 통해

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② 해당 거래사실이 확인되는 이상 ｢부가가치세법 시행령｣ 규정에 따라 ’21.3월 세금계산서 관련 매입세액을 예외적으로 공제받을 수 있는 것으로 보이는 사정 등에 비추어, 과세관청이 A회사의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

​위와 심판결정에 따라 A회사는 수억 원대 매입세액에 대한 공제를 인정받게 되었습니다. 물론, 국세환급가산금도 받게 될 거예요. 그렇다면 A회사의 세금계산서 지연수취 가산세(공급가액의 0.5%)는 어떻게 처리될까요?

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으잉? 이 심판결정이 뭔가 이상해 보입니다. A회사가 시공업체로부터 ’21.3월에 받은 세금계산서는 올바른 날짜(’20.7월)가 아닌 잘못된 공급일자(’21.3월)가 기재된 사실과 다른 세금계산서인데, 이걸 근거로 매입세액을 공제해 주라니 세상에나 이게 말이 되나요?

출처 : 2022 개정세법 해설, 국세청

 

그래서 과세관청은 올바른 공급일자(’20.7월)가 기재된 ’21.11월의 수정세금계산서를 갖고 매입세액 공제 여부를 판단했습니다. 이 수정세금계산서의 수수일자가 적법한 확정신고기한 후 6개월 이내인가 아니면 이후인가를 판단한 과세관청이 언뜻 맞는 것처럼 보여요.

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하지만, 결론은 어땠습니까? 오늘의 심판결정이 나름의 중요한 의미가 있다고 생각해요. 도대체 왜 잘못된 공급일자(’21.3월)가 기재된 사실과 다른 세금계산서의 발급을 조세심판원이 매입세액 공제의 근거로 인정했을지 ｢부가가치세법 시행령｣ 규정을 소개하며 마무리하겠습니다.

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｢부가가치세법 시행령｣ 제75조 (세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제)

7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년(2022년 2월 15일 前까지는 ‘6개월’) 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우

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오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.

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“ 세무사를 알아두는 것이

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