(부가가치세, 등록前 매입세액) 잘 몰라서 면세로 했다가 ‘소급’정정했으니, 공제 OK?

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 사업자등록 소급처리와 매입세액 공제 관련 부가가치세 사례 1건을 살펴보려 해요.

(※ 소급(遡及) : 과거에까지 거슬러 올라가서 (효력이) 미치게 함)​

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올해인 2025년에 제2심 고등법원 판결이 있었습니다.

​A씨가 불복하여 국세청 심사청구 기각결정 후 행정소송을 제기하면서 “처음에 면세사업이라고 착각하여 매출세액이 발생하지 않을 것이라 잘못 생각했으나 실제로는 VAT매출세액이 발생하게 되는 경우이므로, 이는 ｢부가가치세법｣에서 불공제 대상으로 정한

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‘사업자등록을 신청하기 前의 매입세액’이라고 볼 수 없다. 우리의 불찰(무지)로 면세사업자로 등록했으나 소급하여 과세사업자로 정정했고, 매입세금계산서도 소급하여 다시 받았으니 매입세액으로 공제되어야 한다.” 라고 주장했어요.

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과연 법원의 판단은 어땠을까요?

{과세관청이 “법정신고기한 내 VAT 신고가 없었으므로, 각하처분이 적법하다.” 라고 주장했으나, 법원은 ‘기한일로부터 5년 내 경정청구와 함께 기한후과세표준신고서를 제출하였음’을 이유로 과세관청 주장이 틀렸다고 판결했어요(아래 자료 참조).}

개정세법 해설(2020), 국세청

 

① A씨 및 A씨 부부가 ㉠ 및 ㉡사업장에 관하여 과세사업자로 등록하기 前 면세사업자로서 세금계산서를 수취한 사실을 인정할 수 있고, 인정사실에 의하면 공사비 관련 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 규정에 따른 ‘사업자등록을 신청하기 前의 매입세액’에 해당하므로 매출세액에서 공제할 수 없음

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② 이후 A씨 및 A씨 부부가 사업자등록을 과세사업자로 변경하였다는 사정만으로 위 매입세액을 소급하여 매출세액에서 공제할 수도 없음

③ (중략) 등록 前 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하는 위 ｢부가가치세법｣ 규정은 과잉금지의 원칙에 위배되어 납세자의 재산권을 침해하는 규정이라 할 수 없고, 그에 따른 매입세액의 불공제가 형사상 처벌에 해당하지 않으므로 이중처벌금지의 원칙에 반한다고 할 수도 없음(헌법재판소 2011. 3. 31. 선고 2009헌바319 결정 등 참조)

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④ 그리고 사업자등록을 하지 아니한 데 대한 제재로 매입세액 불공제의 불이익을 주는 것이지 성별 · 종교 · 사회적 신분 등을 이유로 불합리한 차별을 하는 것이 아니므로 평등원칙에 반한다고 할 수도 없음​(대법원 2011. 7. 14. 선고 2009두20847 판결의 취지 등 참조)

​A씨 부부가 2번 패소한 후 상고제기가 없어서 사건은 그대로 확정되었습니다.

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오직 납세의무자 입장에서만 이 사건을 볼까요? ‘주택+근생’의 겸용주택이라서, 잘 몰라서 VAT면세사업자로 잘못 처리했었지만, 경정청구기한(5년) 내에 날짜를 소급해서 최초부터 VAT과세사업자로 바로 잡았습니다, 세금계산서 역시 고쳐서 다시 받았죠.

​나중에라도 위 건물을 분양 내지 매도할 때 근생 부분은 부가가치세 매출세액 납부대상이 될 가능성이 분명히 존재하는데, 이렇게 매입세액 공제를 해 주지 않는다면 매출은 돈 내라 하고, 매입은 나몰라라 한다는 말이냐? 세상에 이렇게나 억울한 경우가 또 있을까요?

(실제로 A씨 부부는 ‘분양을 앞두고 세무대리인에 확인해보니 매매시 건물분에 대한 부가가치세를 납부해야 하는 과세사업에 해당함을 알게 되었다’고 밝혔어요)

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물론, VAT매출세액의 실제 부담자(담세자)는 사업자(매출자)가 아닙니다. 그리고 불공제된 VAT매입세액은 필요경비(손금) 처리를 통해 종합소득세율(법인세율) 적용 상당액 만큼은 VAT가 아닌 종합소득세(법인세)로 절세도 되죠, 하지만 이러한 위안거리에도 불구하고​

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부가가치세 판단에서는 절대로 허용되지 않습니다, 소위 ‘얄짤 없어요~’ 이런 일은 그 누구라도 겪을 수 있다고 생각합니다. 왜 돌다리도 두드리면서 건너야 하는지, 왜 세무사님과 수시로 상의해야 하는지를 생각할 수 있었던 오늘의 사례였네요.

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오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.

(부가가치세, 과세사업으로 전환) ‘면세’사업자번호로 받은 매입이라서 공제가 안 됩니다.

(최신, 부가가치세) 병원으로 사용할 것이 명백한데, ‘매입세액 공제’를 어떻게 해 줍니까?

 

 

“ 약은 약사에게,

세금은 세무사에게 ”

 

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