(법인세, 토지등 양도소득 과세특례) 학교법인이 기부 받은 토지라고 볼 증거자료가 부족합니다.

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 토지등 양도소득에 대한 과세특례 관련 법인세 사례 1건을 보려합니다.

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올해 3월에 대법원 선고가 있었어요.

​비영리법인인 학교법인 A학원은 2013년, 2016년, 2017년에 수용으로 인하여 토지 총 ○○개 필지를 지방정부에 각 양도한 후, 이와 관련하여 토지등 양도차익에 대한 법인세를 신고 · 납부했습니다.

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이후 A학원은 위 토지가 ‘｢사립학교법｣에 따라 학교법인이 기부받은 토지’에 해당하여 ｢법인세법｣이 정한 토지등 양도소득에 대한 과세특례 규정의 적용을 받지 아니한다고 보아 총 3차례에 걸쳐 법인세 경정청구서를 제출했으나,

​과세관청은 3번 모두 A학원에게 경정청구 거부통지서를 보냈어요. 2018년이 되어서 A학원이 이의신청을 했는데, 2017년에 수용된 토지만 경정청구가 인용되었고 나머지 토지에 대하여는 여전히 A학원의 청구를 거부했어요.

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법인이 비사업용 토지나 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리 등을 양도하고 이득을 보면 원래 내는 법인세에 추가로 법인세를 더 내야 하는 규정이 바로 ‘토지등 양도소득에 대한 과세특례’ 규정인데요

​A학원은 ｢사립학교법｣과 아래 ｢법인세법｣을 근거로 그 ‘토지등 양도소득에 대한 과세특례’ 규정을 적용해서는 안 된다고 하면서 세금을 환급해 달라고 요청한 것입니다.

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｢법인세법｣ (2014년 1월 1일에 법률 제12166호로 개정되기 전의 것)

제55조의2 (토지등 양도소득에 대한 과세특례)

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

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｢법인세법 시행령｣ (2014년 2월 21일에 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것)

제92조의11 (부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등)

③법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

4. ｢사립학교법｣에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

​아하, 위 토지가 만약 A학원이 기부(출연)를 받은 토지라면, 비사업용 토지가 아니니 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’를 낼 대상이 아닌 것이고, 그렇지 않다면 즉 A학원이 기부 받은 토지가 아니라면 (상황적으로 다른 비사토 배제 사유가 없어 보여서) 추가 법인세를 내야 하는 것이네요.

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그러면 과세관청의 주장이 예측되시죠? 과세관청은 “A학원은 그 설립 당시부터 A학원이 기부로 취득한 학교 기본재산에 포함되었다고 주장하지만, 위 토지의 등기부등본, 폐쇄등기부등본, 토지대장,

​구 등기부등본, 토지조사부 등의 증거를 보아도 A학원이 오랫동안 소유했다는 사실을 넘어서 □□□으로부터 기부받았다는 사실 자체를 증명하지 못하고 있다.” 라고 주장했어요.

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자, 관건은 A학원이 위 토지를 기부받았는지 여부입니다. 심판청구 후 행정소송을 제기한 A학원은 제1심 행정법원에서 원고 패소판결을 받았는데요 과연 제2심 고등법원과 대법원의 판결은 어땠을까요?

​① (전략) 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 기부사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 상대방이 해당 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나​

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② 해당 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 사정을 증명하지 않는 한, 기부사실이 증명되었다고 할 것임

​③ (구체적인 내용 생략) 앞서 본 바와 같이 설립원, 토지조사부, 신문기사, 학술지 등의 각 기재에 의하여 여러 간접사실이 인정되고 이를 통하여 경험칙에 의한 사실상의 추정에 의하여

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④ A학원이 위 각 토지를 구한말 황실로부터 기부받았다는 주요사실을 추인할 수 있는바, 이와 달리 A학원이 아닌 제3자가 위 각 토지를 소유하였다거나 A학원이 기부행위가 아닌 다른 법률행위를 통하여 위 각 토지를 취득하였다는 것과 같이

​⑤ 경험칙에 의한 위와 같은 사실상의 추정을 번복시킬 만한 사정도 찾아볼 수 없고, 더구나 A학원으로서는 위 각 토지를 기부에 의하여 소유하게 된 사정을 증명하기 위해 최선을 다해 자료를 수집한 것으로 보이고,

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⑥ 위 각 토지의 기부 시기 및 상황 등에 비추어 A학원에게 추가적으로 다른 증빙을 요구하기는 어렵다고 할 것이므로, A학원이 위 각 토지를 □□□으로부터 기부 받아 사용해왔다는 사실을 인정할 수 있음

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⑦ 따라서 위 각 토지는 ｢법인세법｣과 같은 법 시행령 규정에 따라 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우에 해당하는바, 이와 달리 비사업용 토지에 해당함을 전제로 한 과세관청의 경정청구 거부처분은 위법함

​A학원과 그의 소송대리인은 제2심 고등법원에서 위와 같은 역전홈런을 날렸고, 그대로 대법원에서 확정되었습니다.

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제2심 고등법원이 A학원의 주장을 인정한 상세한 근거로 제가 소개를 생략한 부분 중에는 ‘구한말 토지조사사업이 시행되기 이전이어서 지번 등이 부여될 수 없는 시기’ 라거나,

​‘토지조사부에 의하더라도 ‘사정’으로만 표기되기 때문에 등기부와 같이 취득원인이 증여, 기부 등으로 특정될 수 없었던 것으로 보인다.’ 라는 판시내용이 등장해요.

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위에서 토지의 ‘사정(査定)’은 제가 찾아보니 ‘일제시대 최초로 만들어진 토지조사부에 최초의 소유자로 등재되어진 것’을 말한다고 합니다. 그에 더하여 A학원이 신문보도내용, 교육청에 제출한 학교법인 운영실태조사서 등이 증거로 인정되었네요.

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구한말이라면 지금으로부터 100년도 넘은 시점 아닙니까? 이 시절의 기록을 법원으로부터 인정받은 A학원과 그의 소송대리인의 노력에 칭찬의 말씀을 전하고 싶습니다.

 

“ 약은 약사에게,

세금은 세무사에게 ”

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