(부가가치세, 매입세액) 오염토지 정화비용은 무조건 ‘토지’ 불공제 대상입니다.

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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이 블로그 2024년의 마지막 포스팅이예요. 오늘은 ‘토지 관련 매입세액’ 여부를 두고 다투었던 부가가치세 사례를 1건 살펴보려 해요.

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올해 10월에 조세심판원 결정이 있었습니다.

​A회사는 토지와 그 지상건물을 매매하는 계약의 매수인 지위를 이전받기로 한 다음, 2022년에 해당 토지에 대한 잔금을 지급하여 토지소유권을 취득하고 곧바로 신탁회사 앞으로 신탁등기해 주었습니다.

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그런데, A회사가 위 부동산 매매계약에 참여하기 전인 2021년에 매도인과 당초 매수인은 위 토지 상의 건물 해체공사 과정에서 토양오염을 발견하고, 정밀조사를 거쳐 ‘매도인이 자신의 책임과 비용으로 매매토지의 오염토양을 모두 정화하기로 약정’한 사실이 있어요.

그런데 매도인이 토지조사 결과보고서가 잘못되었다면서 뒤늦게 오염정화비용 부담을 미뤘고, 그 사이에 매수인 지위를 승계한 A회사가 오염토양 정화작업을 진행했습니다. 그 과정에서 A회사는 토지정화용역 관련 세금계산서를 받고 2022년 제1기～2023년 제2기분 부가가치세에서 매입세액 공제대상으로 신고했어요.

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이에 과세관청은 “위 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 및 같은 법 시행령에서 정한 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’으로서 불공제 대상이다.”라고 보아 A회사에게 통지했고, 이에 불복한 A회사가 심판청구를 제기했습니다.

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땅 오염을 치유하는 비용은 무조건 매입세액 불공제 대상인 ‘토지 관련 매입세액’일까요?

① (전략) 헌법재판소는 골프장 사업자가 제기한 과거 ｢부가가치세법｣ 조항 중 “대통령으로 정하는 토지 관련 매입세액” 조문의 헌법 위반 여부를 다룬 사건에서, “토지 관련 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출”이라 함은 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 지출을 의미한다’고 판시하였음

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② 사업자가 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니라고 할 것​(대법원 2016. 2. 18. 선고 2012두22447 판결, 같은 뜻임)이고,

​③ 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 지출을 의미하며, (중략) ‘토지 관련 지출’은 토지의 취득원가에 산입되는 자본적 지출을 의미하는 것(헌법재판소 2010. 6. 24. 선고 2007헌바125 전원재판부 결정 참조)임

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④ (중략) 위 토지(부동산)에 대한 매매계약은 토양오염이 없음을 전제로 매매가격 등을 산정하여 이루어졌고, 이후 발견된 오염토양 정화 비용을 매도인 측이 부담하기로 한 것으로 나타나며, 1심 법원도 A회사가 부담한 오염토양 정화비용을 매도인이 보전해야 한다고 판결한 사실(※ 포스팅일 현재 항소심 계속중임)이 있는바,

⑤ 해당 비용이 “자본적 지출액”에 해당한다거나 위 토지의 매매가액이 변동되어 취득가액에 합산된다고 보기 어렵고, A회사는 위 토지 취득 후 해당 부지에 물류센터를 신축 · 임대하는 개발(과세)사업을 영위하고 있는 것으로 보임

 

⑥ 위와 같은 사정 등에 비추어, 과세관청이 위 토지정화용역 관련 매입세액을 ‘토지 관련 매입세액’으로 보아 A회사의 부가가치세 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

​과세관청이 A회사에게 했던 부가가치세 환급 거부처분(초과환급신고 가산세 포함)은 취소되었습니다.

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A회사가 지출한 토지오염 정화비용이 토지와 “관련”이 없습니까? 아닙니다, 분명히 땅과 “관련”이 있습니다. 그런데 왜 ｢부가가치세법｣에서 정한 ‘토지 관련 매입세액’이 아니라고 조세심판원이 결정한 건가요?

​‘토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 지출인가?’, ‘토지의 취득원가에 산입되는 자본적 지출인가?’ 라는 질문에 대한 답이 모두 NO! 였습니다. 같은 취지에서, 제가 소개를 생략한 심판결정내용 중에는 “자산의 용도변경이나 개조, 이용의 편의 등을 위해 지출한 비용으로서​

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해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용으로 보기는 어렵다.”는 부분도 있습니다. 과세사업자인 A회사가 종국적으로 부담할 비용도 아니고 매입한 부동산 매매가액이 바뀔 여지도 없다면, ｢부가가치세법｣상 ‘토지 관련 매입세액’이 아니라는 오늘의 심판결정이었네요.​

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가슴아픈 모습을 보면서 안타깝게 먼저 가신 분들의 명복을 진심으로 빕니다. 그리고, 이 블로그를 찾아주시는 모든 분께서 행복한 연말 보내시기를 기원합니다.​

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오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.

(부가가치세, 부동산 분양) ‘매수자문 용역비용’은 전액 매입세액 공제될까요?

(부가가치세, 매입세액 공제) 얼마나 임대해야 인정해 주나요? 그리고 주식은 부가세 과세대상이

 

 

“ 약은 약사에게,

세금은 세무사에게 ”

 

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