세금사례를 연구합니다.
(법인세, 주택재개발조합) 분양방식 변경으로 인한 비용은 ‘공통’ vs ‘개별’? 본문
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안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.
오늘은 비영리법인인 주택재개발정비사업조합의 손금을 두고 다투었던 법인세 사례 1건을 살펴보려 해요.
올해 7월에 조세심판원의 결정이 있었습니다.

「조세특례제한법」은 ‘「도시 및 주거환경정비법」 규정에 따라 설립된 정비사업조합을 비영리내국법인으로 본다’고 규정하고 있어요. 나아가 「조세특례제한법 시행령」 규정은 ‘해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다’고 정해두었습니다.
응? 그러면 주택재개발정비사업조합은 법인세 과세대상 수익사업이 없으니, 무조건 법인세를 낼 필요가 없을까요? 결과적 · 현실적으로는 그게 쉽지 않다고 생각하면 틀리지 않을 것 같습니다. ‘조합원분양’이 아닌 ‘일반분양’을 해야 조합원들의 부담을 줄일 수 있거든요.
(법인세) 일시적 수입이니 ‘× 12’ 하지 말아요 그리고 청산금 받으면 수익사업입니다.
안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다. 오늘은 법인세 계산방식과 비영리법인의 수익사업 관련...
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그러면 ‘일반분양’ 부분도 법인세를 안 낼까요? 아닙니다. 조합원들 아닌 사람들에게 분양한 ‘일반분양’은 해당 조합의 수익사업에 해당하여 법인세 납세의무가 있어요. 자, 그러면 ‘조합원분양’도 하고 ‘일반분양’도 하는 경우에 법인세를 어떻게 계산할까요?
수익사업 아닌 부분(조합원분양)과 수익사업 부분(일반분양)을 나누어 장부기록해야만 합니다. 이걸 세법에서 ‘구분경리’라고 해요. 즉, ‘구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산 · 부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장’해야만 합니다.
하지만, 비용은 오직 ‘조합원분양’에만 관련 있거나 또는 ‘일반분양’과만 상관있는 비용만 존재하는 것이 아니라 2가지에 공통적으로 관련되는 비용이 있을 수 있습니다. 이러면 어떻게 계산해야 하죠?
이런 ‘공통손금’은 세법이 정한 바에 따라 같은 업종은 ‘수입금액 또는 매출액’을 기준으로, 다른 업종은 ‘개별 손금액’을 기준으로 수익사업 아닌 부분과 수익사업 부분으로 쪼개야 합니다. 그래서 아래 계산서 서식의 판매비와 관리비 부분과 영업외비용 부분에 ‘개별분’과 ‘공통분’이 있는 것이죠.
자, 그러면 법인세금을 줄이는 비용(손금)이 ‘공통손금’이 되면 수익사업 부분의 ‘개별손금’이 되는 경우보다 계산적 · 결과적으로 이익이 늘게 되어서 세금이 많아지겠죠? 바로 여기서 오늘의 ‘공통 vs 개별’의 다툼이 생기게 될 것입니다. 이제 사례로 가 보시죠!

2009년에 주택재개발사업을 시행하기 위해 설립된 비영리법인인 A구역주택재개발정비사업조합(아래에서 ‘A조합’이라고 할게요)은 분양방법을 당초 기업형 임대방식으로 추진하다가 사업환경 등을 고려하여 일반인에 대한 공개분양방식으로 전환했습니다.
이 과정에서 일반분양분 ○천 세대를 임대사업자인 위탁관리부동산투자회사에게 매매하는 계약을 체결했다가 해제했고, 이 모습을 계약위반이라 본 위탁관리부동산투자회사가 A조합을 상대로 ‘위약벌 등 청구의 소’를 제기한 결과 A조합은 위약벌과 소송비용을 지출하게 되었어요.

위와 같은 위약벌과 관련 소송비용을 두고 과세관청은 “공통손금이다.” 라고 보아 2023년에 가산세를 더한 법인세 납세고지서를 A조합에게 보냈고, 이에 불복한 A조합은 “수익사업 즉 일반분양 매출에 대응하는 개별손금이다.” 라고 주장하면서 심판청구를 제기했습니다.
“수익사업과 직접 관련하여 발생한 비용이 아니다!” 라는 과세관청의 주장은 과연 인정되었을까요?

① 「법인세법」에 의하면 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산 · 부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 함
② (중략) 위 위약벌과 관련 소송비용은 수익사업에서 분양방법을 기업형 임대방식으로 추진하다가 사업환경 등을 고려하여 일반인에 대한 공개분양방식으로 전환함에 따라 발생된 비용으로, 수익사업과 관련한 매매계약에 의하여 발생하였고 이와 같은 의사결정에 따라

③ 수익사업의 수입금액(일반분양대금)이 변경 · 결정된 것으로 보이므로 위 비용은 수익사업과 직접 관련된 것으로 볼 수 있고, A조합이 위와 같이 일반분양방식을 변경하여 발생한 수익의 일부가 결과적으로 조합원에게 공여된다 하더라도 이는 배당 내지 소득배분의 문제일 뿐
④ 손금의 귀속과는 무관한 것으로 보이는 사정 등에 비추어 과세관청이 위 비용을 공통손금으로 보아 A조합에게 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다 할 것이므로 위 비용을 수익사업에서의 개별손금으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

A조합에게 부과된 법인세는 줄어들게 되었죠?
과세관청이 개별손금이 아니라 공통손금이라고 판단한 이유가 무엇일까요? ‘종전 분양방식의 선택으로 조합원의 부담이 악화되자, 이를 철회하고 일반분양 방식으로 변경한 것이라서, A조합이 부담한 위약벌 등의 비용은 조합 전체 목적사업을 달성하기 위한 일련의 과정에서 발생한 비용’이라는 시각이었습니다.

거기에 더하여 “조합원 총회를 통해 모든 의사결정을 하고, ‘최소한의 분담금으로 최대한의 조합원분양용 주택을 공급받는 목적’을 달성하기 위한 비용이어서 조합원분양과 무관하지 않다.”는 주장도 했죠.
어떻습니까? “아예 상관없다는 말이냐?” 라고 질문한다면 그건 아니겠죠. 하지만 과세관청의 위와 같은 입장과 논리대로라면, 아마 정비사업조합의 모든 비용은 공통손금에 해당할 뿐 아마 개별손금은 존재할 수 없으리라 생각합니다. 조합원들이 의사결정했거나 조합원들과 관련되어 있기만 하면 모조리 ‘공통’일 테니까요.

결정내용 ②에 나오듯, ‘수익사업과 관련한 매매계약에 의하여 발생’한 비용임에는 틀림이 없습니다. 게다가 결정내용 ③처럼, 일반분양의 결과로 발생한 수익을 조합원들이 가져가는 것 때문에 관련 있다고 할 수 없는, 개별 vs 공통과 관련 없이 후속적인 배당의 문제니까요.
법인세에서 말하는 ‘공통손금 vs 개별손금’에 대해 고민해 볼 수 있는 의미 있는 오늘의 사례였습니다.
오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.
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