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(종합소득세, 부동산매매업) ‘장기보유 특별공제액’을 차감해 주세요. 본문

법원 사례

(종합소득세, 부동산매매업) ‘장기보유 특별공제액’을 차감해 주세요.

세금사례 연구가 2026. 2. 23. 10:02
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안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

오늘은 부동산매매업자의 종합소득세 사례 1건을 살펴보려 해요.

재작년인 2024년에 2심 고등법원의 판결이 있었습니다.

A씨는 “나의 종합소득 산출세액 산정에서 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.” 라고 주장했습니다. A씨는 양도소득세 계산에 등장하는 장특공제를 왜 종합소득세 계산에 적용해 달라고 주장했을까요?

제가 미루어 짐작한 A씨 주장의 근거는 바로 아래 세법 규정에서 찾을 수 있었습니다.

저기 저 세법 규정을 한 번 봐라! 너무나도 명백하게 ‘장기보유 특별공제액’을 ‘차감’한다고 나와 있지 않은가 말이야!!

그게 아닌데 참 안타깝습니다. 자, 과연 판결은 어땠을까요?

(종합소득과 과세표준을 과세관청이 임의로 계산했다는 쟁점은 소개 생략)

① 「소득세법」 규정은 ‘종합소득 산출세액’이라고 규정되어 있을 뿐 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 명시적인 규정이 존재하지 않고, 부동산매매업자의 사업소득에 관한 종합소득 과세표준의 계산방법은 「소득세법」 제19조 제2항이 적용됨

② 위 「소득세법 시행령」 규정의 문언상 ‘법 64조 제1항에 따른 주택등매매차익’이라고 규정하고 있다는 이유만으로 「소득세법」의 종합소득 산출세액에도 위 시행령 규정에 의하여 당연히 장기보유특별공제가 적용되는 것이라고 단정할 수 없음

③ 부동산매매업자의 대하여 장기보유특별공제를 필요경비로 규정하고 있는 법령이 없고, 장기보유특별공제는 「소득세법」상 (사업소득의) 필요경비 항목에도 포함되지 않음

(중략) 「소득세법」의 종합소득 산출세액 산정에서 장기보유특별공제를 적용하지 않음이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 A씨의 주장은 받아들이지 아니함

2번의 재판에서 모두 A씨 패소 판결이 있었고, 사건은 그대로 확정되었습니다. 첫 번째 심판청구 결과 과세처분이 유지된 ○천만 원을 A씨는 모두 납부해야만 해요.

도저히 이해가 안 됩니다, 어째서 분명하게 나와 있는 장특을 안 빼주는 것입니까?

그런 것이 아니라고 말씀드렸습니다, 세법 규정을 완전히 잘못 해석해 버렸죠? 부동산매매업자는 소위 ‘비교과세’ 즉, 「소득세법」 제64조 제1항 제1호에 따른 결과와 제2호에 따른 결과 이렇게 두 가지 세액 중 더 높은 세금을 부담해야만 합니다.

양도소득세 계산방식을 준용한 제2호에서 필요경비, 양도소득기본공제 및 장기보유특별공제의 차감을 적용하는 것까지는 맞는 말이지만, 그것과 더 많은지 적은지를 비교하는 제1호에 따른 계산에서 장특을 차감할 수는 없는 노릇이죠.

이 비교과세 조항은 “부동산매매업자로 등록하여 양도소득세의 중과를 회피하는 것을 방지할 목적으로 도입된 것”으로서, “제1호의 세액이 제2호의 세액보다 많이 계산된다는 이유만으로 부동산매매업자에 대한 차별 취급이라고 볼 수 없다.”는 판결내용도 있습니다.

오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.

 

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