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(부가가치세, 매입자발행T/I) 기성율을 알 수 없으니까, ‘거래사실 확인불가’입니다. 본문

행정심판 사례

(부가가치세, 매입자발행T/I) 기성율을 알 수 없으니까, ‘거래사실 확인불가’입니다.

세금사례 연구가 2025. 2. 3. 11:08
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안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

오늘은 2001번째 포스팅으로, 매입자발행세금계산서를 위한 거래사실확인신청 관련 부가가치세 사례를 1건 살펴보려 해요.

작년인 2024년에 조세심판원 결정이 있었습니다.

우선 세법 규정을 짚어볼게요.

「부가가치세법 시행령」 제71조의2(매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등)

③ 법 제34조의2제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 “신청인”이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 1년 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

위에 소개해 드린 현재의 대통령령 규정은 2024년 2월 29일 이후부터 적용되는 규정입니다. 그렇다면 2024년 2월 28일 이전에는 어떠했을까요? 과세기간 종료일부터 ‘6개월 이내’에 거래사실확인신청을 해야만 적법했었어요. 그럼 오늘 사례로 가 보시죠!

출처 : 2024년 개정세법 해설

제조업을 영위하는 A회사는 시공업체에게 근린생활시설 신축공사를 의뢰하면서, 2020년 두 회사 사이에 체결한 공사도급계약서에 따라 A회사는 기성율대로 매월 청구 시 익월 5일에 시공업체에게 공사비용을 지급하기로 약정했습니다. 외관만 보면, 전형적인 ‘완성도기준지급조건부’ 용역계약이네요.

A회사는 총 5차례(2020년 11월, 2022년 1월, 같은 해 3월, 같은 해 6월, 같은 해 7월)에 걸쳐 시공업체에게 공사대금을 지급했고, 2022년 10월에 시공업체로부터 ‘공사포기각서’를 받게 됩니다. 공사대금을 주고도 세금계산서를 받지 못한 A회사는 2023년 6월에서야 과세관청에게 거래사실확인신청을 했어요.

그러자 과세관청은 5차례 중 앞의 4차례인 2020년 11월 ~ 2022년 6월은 ‘신청기한 경과’를, 나머지 1차례인 2022년 7월은 ‘공급시기 미도래’를 각 이유로 하여 거래사실 확인불가(※ 맨 위의 도표에서 녹색 Box로 표시한 ‘③확인거부’를 의미함)로 A회사에게 통지했습니다.

이 거래사실 확인불가 통지에 불복한 A회사가 심판청구를 제기하자 과세관청은 “공사기성 신청 및 공사기성율을 확인할 수 없어 A회사와 시공업체 간의 도급계약서상 거래인지가 불명확하고 용역에 대한 대가로 확정하기 어려워 지급일자를 공급시기로 볼 수 없다.” 라고 주장했어요.

과연 조세심판원의 결정은 어땠을까요? (2022년 7월의 ‘공급시기 미도래’ 부분만 살펴보고, 앞 4차례의 ‘신청기한 경과’ 부분은 소개를 생략합니다)

(전략) 다만, A회사의 공사대금 지급내역 가운데 2022년 7월 지출분 ○○원은 A회사가 해당 과세기간 종료일인 2022년 12월 31일부터 6개월이 이내인 2023년 6월에 매입자발행세금계산서의 발급을 위한 거래사실 확인신청을 하였고,

② A회사가 제출한 공사도급계약서 및 예금계좌 거래내역 등으로 보아 시공업체가 A회사에게 건설용역을 제공하고, A회사가 시공업체에게 관련 공사대금을 지급한 것으로 보이므로 과세관청이 A회사에게 거래사실 확인불가를 통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

과세관청이 A회사에게 했던 확인불가 통지 중에서 맨 나중의 1차례 부분은 ‘거래사실 확인’으로 처리되어 매입자발행세금계산서를 통해 A회사의 매입세액공제가 인정될 것입니다. 이 공은 자연스럽게 ‘시공업체의 매출누락’으로 연결되겠죠?

소개를 생략한 4차례 부분은 A회사가 한 ‘공사포기각서 작성일을 용역의 공급시기로 보아야 한다’는 주장까지 모두 기각되었기에, A회사의 선택에 따라 행정소송 제기가 가능해요.

 

과세관청은 왜 ‘공급시기 미도래’라고 주장했을까요? ‘공사기성 신청 및 공사기성율을 확인할 수 없다’고 주장한 것으로 미루어 보면, 공사도급계약서에 나온 ‘기성율대로 매월 청구 시 익월 5일에’ 대금을 지급하는 계약내용이 제대로 이행되지 않았다고 본 것 같습니다.

혹시라도 ‘조세심판원은 예금계좌 거래내역을 대금지급사실을 인정해 주었는데, 과세관청은 대금지급사실 자체를 인정하지 않은 것 아닌가? 계좌내역을 봤는데도 딱 알아내지 못한다는 말이냐?’ 라고 하실 수도 있어요.

제 마음대로 짐작해보면, 대금지급사실 자체를 부인했다기 보다는 위에서 말씀드린 계약서 기재내용과 다른 돈의 흐름이어서 “도급계약서상 거래인지가 불명확하다.”라고 과세관청이 생각한 것 같습니다.

‘계약서대로 제 날짜에 딱딱 못 맞춰 줄 수도 있지 그 정도도 못 봐주나?’ 하는 문제는 구체적 사실관계에 따라 그때그때 판단이 달라질 수 있을 것 같아요.

이렇게 판단한 과세관청은 “A회사가 공사 기성고 확인요청을 한 사실 및 시공업체가 기성확인을 한 바 없으므로 완성도기준지급조건부로 볼 것이 아니다.” 라고 주장했어요. 일반적인 경우로서 ‘역무의 제공이 완료되는 때’가 공급시기라는 것입니다.

하지만, 조세심판원은 “적어도 기성고를 기준으로 공사대금을 지급한 것으로 보인다.” 라고 하면서 “공사대금 지급일이 용역의 공급시기에 해당하는 완성도기준지급조건부 용역거래에 해당한다.” 라고 판단했어요.

‘완성도기준지급조건부’에 해당하는지를 바라보는 시각이 과세관청과 조세심판원이 서로 정반대였고, 그에 따른 공급시기 판단도 완전하게 달랐던 사례였습니다.

절대로 불가능한 가정이긴 합니다만, 2024년 2월 29일 이후 거래였다면 그래서 ‘과세기간의 종료일부터 1년 이내’였다면, ‘신청기한 경과’로 통지되었던 지급 건들 중 맨 앞의 2020년 11월 부분을 제외한 나머지가 모두 거래사실 확인받았을 가능성이 높았겠죠?

오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.

 

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