세금사례를 연구합니다.
(국세기본법, 기납부세액 및 가산세) 개인과 법인은 엄연히 달라서 안 됩니다. 본문
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안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.
오늘은 기납부세액 공제 및 가산세 감면여부에 대해 다툰 세금사례 1건을 살펴보려 해요.
작년인 2023년 3월에 국세청의 결정이 있었습니다.

A종중은 위와 같이 2017년에 2차례의 토지 양도 및 양도소득세 신고 · 납부를 했는데, 그 중간에 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았습니다. 위 초록색 글씨 부분이예요.
※ 2번의 양도소득세 예정신고도 모두 ‘A종중’ 이름으로 했고, 법인으로 보는 단체 승인 후의 명칭도 ‘A종중’입니다.
2021년이 되어서 A종중은 2017사업연도분 법인세 기한 후 신고서를 제출했고, 2022년에 이를 결정한 과세관청은 양도소득세 납부액 차감 없이 2종류의 가산세를 더해서 A종중 앞으로 법인세 납세고지서를 보냈고, A종중이 불복하여 국세청에 심사청구를 제기했어요.

A종중의 ⓐ기납부세액 차감, ⓑ가산세 면제 요구에 대해 과세관청은 “A종중이 1거주자로서 2017년에 신고한 양도소득세는 1거주자의 적정한 양도소득세 신고에 해당하며, 「법인세법」상 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’ 규정을 적용하여 신고한 것이라고 볼 수 없다.” 라고 주장했습니다.
과세관청의 입장은 개인인 A종중의 양도소득세 신고 · 납부는 그 자체로 유효하므로, 법인인 A종중의 법인세 계산에서 이미 납부한 양도소득세를 뺄 수 없다는 거예요.
과연 A종중은 이 다툼에서 승리했을까요?
(“법인세 기한 후 신고 자체가 무효이다”와 “과세관청이 4년간 이 문제를 방치한 귀책사유가 있다”는 A종중의 주장 부분은 구체적인 소개를 생략합니다)

① A종중은 2017년 11월에 법인으로 보는 단체로 승인받은 이후 양도소득 과세표준 신고 및 납부계산서에 양도부동산의 정보, 양도가액 등을 모두 기재하여 양도소득세 신고를 하였고, A종중이 제출한 양도소득 과세표준 신고 및 납부계산서 상 신고인 란에
② 법인 고유번호를 기재하지 아니하였다 하더라도 A종중이 첨부한 계약서에 A종중의 명칭, 대표자 인적사항 등이 기재되어 있어 양도소득 과세표준 신고의 주체가 A종중이었음이 객관적으로 확인가능하였을 것으로 보이며,

③ A종중이 이처럼 거주자용 양도소득세 신고서를 제출한 사실은 있으나, 「법인세법」상 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례’ 규정에서 정한 방법으로 계산된 세액을 과세관청에 납부하였는바 이는 단순한 서식 적용의 실수로 볼 여지가 있고,
④ 이번 사건과 같이 A종중에 대한 양도소득세가 취소되는 결과 법인세가 과세될 수 밖에 없는 경우와 같이, 서로 밀접한 관계에 있는 경우에는 납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 과세관청이 변경하여 과세하는 세목의
⑤ 기납부세액으로 보아 납부불성실 가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이라 할 것(조심 2012서3715, 2013. 1. 16.)인 사정 등에 비추어 과세관청이 A종중이 법인세를 무신고한 것으로 보아 무신고 및 납부지연가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

A종중의 주장이 인정되어 법인세 부과는 취소되었습니다. “개인(1거주자)이나 법인(법인으로 보는 단체)나 ‘A종중’인 것은 똑같은데, 뭐가 다르다고 세금을 매긴거야? 세금만 내면 OK해야지 개인, 법인을 왜 따지고 있냐?” 이렇게 보신 분이 혹시 계셨을까요?
세무문제에서 개인이냐 아니면 법인이냐는 매우매우 중요한 문제입니다. 이게 의미 없는 것이라면, A종중이 무엇하러 ‘법인으로 보는 단체의 승인 신청서’를 세무서장에게 제출해서 법인으로 인정받으려고 노력했겠습니까?

그것은 그것대로 분명히 의미가 있습니다. 하지만, 기납부세액 인정여부와 가산세 적용 여부가 쟁점이 된 이번 사건에서는 그것과 다른 생각을 해야 해요. 제가 생략했던 과세관청의 주장 중에는 이런 것도 있었습니다.
“1거주자의 양도소득세로 신고한 것을 법인세로 신고한 것으로 보아 법인세 기한 후 신고 시 기납부세액으로 결정한다면, 「법인세법」 규정이 형해화 될 수 있는바, 기납부한 법인세액으로 볼 수 없다.”

하지만, 재결청인 국세청이 인용한 심판결정문(조심 2012서3715, 2013. 1. 16.)을 보면, 양도소득세 감면과 직접 관련된 농어촌특별세 납부에 대해 “납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하고 납부되었다 하더라도 과세관청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이다.” 라는 내용이 있습니다.
게다가, 「법인세법」 제62조의2 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례’에서 정한대로 양도소득세 계산방식에 따라 세금신고와 납부가 이루어졌기 때문에, 단순한 서식 적용의 실수라고 인정된 부분이 중요한 판단요소가 되었던 오늘의 사례였네요.
당연히 구체적인 사실관계가 다르다면, 결론은 얼마든지 달라질 수 있겠죠?
오늘 사례와 비슷한 세금사례들을 같이 보시죠.
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