(양도소득세) 우리 재단은 원래부터 ‘법인’인데 왜 ‘개인’이라고 합니까? (사업자등록번호 82와 89의 차이)

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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이번 5월은 2021년귀속 양도소득세 확정신고의 달이기도 합니다.

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오늘은 재단 즉, 비영리법인이 양도한 부동산에 대한 양도소득세 사례 1건을 보려 합니다. 법인이 왠 양도세?

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올해인 2022년에 대법원 판결이 있었어요.

​A재단은 1994년에 토지를 취득했고, 2000년에 해당 토지 지상에 건물을 신축하여 취득한 후, 2003년에 증여를 원인으로 소속 재단에 소유권이전등기를 해 주었다가 2008년에 증여를 원인으로 다시 A재단 앞으로 소유권이전등기를 했습니다.

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2011년에 A재단은 제3자에게 위 부동산을 매도하고 소유권을 넘겨주었는데, 이와 관련된 양도소득세를 신고하지 않았어요.

​2019년 3월에 과세관청은 위 양도가 ｢국세기본법｣상 ‘법인으로 보는 단체’ 외의 법인 아닌 단체가 부동산을 양도하는 경우에 해당하여 거주자로서 양도소득세 과세대상이 된다고 보고, A재단 앞으로 가산세를 더한 양도소득세 납세고지서를 보냈습니다. 자, 부동산 양도하고 몇 년 후에 세금부과가 있었죠?

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이에 불복한 A재단은 심판청구 후 행정소송을 제기하면서 “우리 재단은 ｢국세기본법｣에서 규정한 ‘법인으로 보는 단체’로서의 실질과 요건을 갖추었고, 위 부동산은 우리 재단이

​3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로서 그 처분수익은 ｢법인세법｣ 등 관련 법령에 따라 양도소득세 또는 법인세 과세대상이 되지 않는다.” 라고 주장했어요.

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과연 법원의 판단은 어땠을까요? (실제로는 소속 재단 소유이나 명의수탁했었다는 주장, 신의 · 성실원칙 위반 주장 및 가산세 위법주장 등은 소개를 생략해요)

​① (전략) ｢국세기본법｣에서 ‘법인 아닌 단체’ 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정한 취지에 비추어 보면, ｢국세기본법｣이 규정하는 일정 요건을 갖추었더라도 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않은 이상, 법인으로 보는 단체로 볼 수 없다고 할 것임

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② 과세관청은 사업자등록번호의 고유번호를 부여함에 있어 4, 5번째 자리에 법인 아닌 종교단체의 경우에는 ‘89’, 법인으로 보는 단체의 경우에는 ‘82’를 부여하여 왔고, 그 신청 및 승인 절차를 구분하여 처리를 하여 왔음

③ A재단은 2005년에 제목이 ‘사업자등록신청서(개인사업자용)’이고 그 아래에‘(법인이 아닌 단체의 납세번호 신청서)’라고 기재된 서식에 필요사항을 기재한 신청서를 제출하고, 이에 기하여 같은 날 과세관청으로부터 고유번호 “○○○-89-○○○○○”를 부여받았음

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④ (중략) A재단은 위 부동산 양도일 이후인 2019년에 제목이 ‘법인으로 보는 단체의 승인 신청서’라고 기재된 서식에 필요사항을 기재한 신청서를 제출하고, 이에 기하여 과세관청으로부터 고유번호 “○○○-82-○○○○○”를 부여받았는데, 이때 A재단은 2005년과는 달리 A재단의 정관을 첨부하여 제출하였음

⑤ A재단은 ‘89’ 고유번호를 발급받은 날인 2005년부터 ‘82’ 고유번호를 발급받은 날인 2019년까지는 국세청 전산망에 ‘면세사업자(종교단체)’로 등록되어 왔다가, 그 이후부터는 ‘승인법인(법인으로 보는 단체)’으로 등록되었음

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⑥ 위 부동산 양도 당시(2011년)에는 A재단이 과세관청으로부터 법인으로 보는 단체로서 승인을 받은 사실이 없으므로, ｢국세기본법｣상 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없고,

​⑦ 그 후에 A재단이 법인으로 보는 단체로서의 지위를 취득하였다 하여 이미 A재단에게 거주자로서 성립한 양도소득세 납세의무에 영향을 줄 수는 없음 (중략) 과세관청의 승인을 받지 않은 이상 법인으로 볼 수 없고, 그 승인을 받지 않더라도 법인으로 보아야 한다는 A재단의 이 부분 주장은 받아들일 수 없음

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⑧ 이러한 사정들을 종합하면, A재단이 과세관청에게 2005년의 신청서를 제출하였을 당시 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받을 의사가 명백하였다고 보기 어렵고 이를 인정하기 부족하며,​

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⑨ 달리 A재단이 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받을 의사로 2005년의 신청서를 제출하였다고 인정할만한 증거가 없으므로 A재단의 이 부분 주장을 받아들이지 않음

A재단은 소개를 생략했던 주장들을 포함한 모든 쟁점에서 3심 모두 과세관청에게 패소했습니다. 2005년부터 A재단의 정관이 있었다는 것이죠? 누가 보더라도 적법하게 내지 않을 수도 있었던 세금이기에 세무사로서 매우 안타깝네요.

법인 vs 개인 얘기하는데 정관 얘기는 왜 계속 나올까요?

​A재단이 주장했던 ‘3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’에 해당하려면 어찌되었든 ‘법인’으로 인정받았어야만 했어요. 하지만, ‘A재단 스스로 2005년에 법인이 아닌 단체의 납세번호 신청서를 제출하였을 뿐이고,

​재단의 정관을 제출하지 않는 등 법인으로 보는 단체 신청에 필요한 서류를 구비하지 않았다’는 사실관계를 뒤집을 증거를 제시하지 못했습니다. 예를 들면, A재단이 주장했던 다른 법인의 경우처럼​

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‘당초 법인으로 보는 단체의 승인신청을 하였으나, 세무공무원의 착오로 개인 고유번호가 발급되었고, 이에 따라 관할 세무서가 새롭게 발급한 법인 고유번호증의 발급일을 최초 고유번호증 발급일로 소급하여 정정 발급했다’는 것과 같이 말이죠.

​개인 고유번호증이나 법인 고유번호증이나 글자 몇 개 빼면 둘의 생긴 모습이 거의 똑같습니다. 또, 개인인지 법인인지가 나중에 부동산 양도 후 세금문제에서 어떤 차이가 있을지에 대해 그 누가 얘기를 제대로 해 주었겠습니까? A재단 분들이 2005년이나 2011년 당시에 과연 이걸 얼마나 고민하셨을까를 짐작해 보면, 아마도 별로 대수롭게 여기지 않았을 것만 같아요.​

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그에 더하여 ‘위 부동산에 대한 재산세 및 새로 취득한 토지 관련 취득세가 부과되지 않았다’는 사정도 있었으니, A재단 입장에서는 “양도소득세도 당연히 부과되지 않을 것이다.” 라고 보았을 법 합니다. 이번 소송에서도 이 주장을 했었죠.

​하지만, 그러한 사정을 두고 법원은 “과세관청이 위 부동산에 관한 양도소득세를 부과하지 않는다는 공적인 견해표명을 하였다거나, A재단에게 양도소득세가 면제된다는 사정에 대한 정당한 신뢰가 형성되었다고 볼 수 없다.” 라고 판결했습니다.

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이렇게 사실관계에서 밀리고, 최소한 제가 보기에 세금문제를 안이하게 바라보았던 A재단은 속수무책으로 패소하였기에 양도소득세와 지방소득세를 내야 할 처지가 되었습니다.

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“ 세무사를 알아두는 것이

생활의 지혜입니다 ”

 

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