(최신, 종합소득세, 직무발명보상금) ‘주식양도 시세차익’이 보상금의 재원인데, 어떻게 그것을 ‘비과세’할 수 있겠습니까?

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 직무발명보상금 관련 종합소득세 사례 1건을 보려합니다.

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3개월 전인 올해 2월에 대법원의 선고가 있었어요.

​A씨 등 총 4명은 공공연구기관인 ◎◎연구원 소속 연구원이거나 연구원이었던 사람들로, 해당 연구원에 재직 중 직무수행 과정에서 ○건의 기술을 발명하였고, 해당 연구원은 위 4명으로부터

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위 기술에 관하여 특허를 받을 수 있는 권리를 승계한 뒤 이를 등록하여 특허권을 보유하게 되었습니다. 특허권자가 자연인인 위 4명이 아니라 ◎◎연구원이라는 기관이네요.

​◎◎연구원은 기술신용보증기금 ◳◳기술평가센터에서 위 특허권의 기술가치 평가를 신청하였고, 위 센터는 해당 특허권을 ○억 원으로 평가했다고 합니다.

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◎◎연구원은 위 특허권을 현물출자(돈 아닌 물건을 법인 자본금으로 출자하는 것이죠?)하여 B회사를 설립하면서 위 특허권의 가치를 위 평가액 ○억 원으로 보아 B회사의 주식 ○○주를 취득하였고, ｢연구개발특구의 육성에 관한 특별법｣ 규정에 근거하여 B회사를 연구소기업으로 등록했어요.

​그 후 위 특허권은 양도를 원인으로 ◎◎연구원로부터 B회사에게 전부이전등록되었습니다. 그리고 B회사는 증자 및 합병 등 절차를 거쳐 코스닥시장에 상장되었고, ◎◎연구원은 보유하고 있던 B회사의 주식 중 일부를 매각하여

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해당 주식매각 대금 중 경비와 세금 등을 공제한 금액의 약 ○○%에 해당하는 ○○원을 기술개발에 기여한 연구원들에게 지급하기로 결정하여 위 4명에게 각 보상금을 지급하면서

​위 특허권의 기술가치 평가액 ○억 원에 상응하는 금액은 ｢소득세법｣에서 정한 비과세 기타소득인 ｢발명진흥법｣상의 직무발명보상금으로 보아 소득세를 원천징수하지 않았고, 나머지 금액에 대하여는 과세대상인 근로소득으로 보아 소득세를 원천징수했어요.

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그런데, 위 4명은 ◎◎연구원이 과세대상 근로소득으로 본 금액도 모두 비과세대상인 직무발명보상금이 맞다면서 원천징수된 소득세를 환급해 달라는 취지의 경정청구서를 제출했고,

​과세관청은 위 4명의 경정청구일로부터 2개월이 지나도록 아무런 통지를 하지 않아 경정청구를 거부한 것으로 간주되었기에, 위 4명은 각 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기했습니다.​

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그러자 과세관청은 “◎◎연구원이 위 특허권을 양도한 후 대가로 취득한 주식의 시세차익은 위 4명의 직무발명과 관련이 없으므로 이를 재원으로 하는 보상금은 ｢발명진흥법｣상 정당한 보상으로 볼 수 없다.” 라고 하면서

​“또, 위 4명이 받은 보상금은 ｢발명진흥법｣에 따른 것이 아니라 ｢연구개발특구의 육성에 관한 특별법｣에 따라 지급된 것이므로 ｢소득세법｣상 비과세 소득 대상이라고 볼 수 없다.” 라고 주장했어요.

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과연 법원은 어떤 판결을 했을까요?

​① (전략) ◎◎연구원이 B회사를 설립하면서 위 4명의 직무발명으로 개발된 특허권을 현물출자 하였으므로, B회사의 주식 가치는 위 특허권의 가치가 반영된 것이라고 볼 수 있음

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② 특허권의 가치는 관련 기술의 상용화 가능성 및 정도에 따라 달라지는 것인데, 위 특허권 관련 기술이 상용화되어 경제적 가치를 창출함에 따라 그 특허권의 가치가 증대되었고, 그에 힘입어 위 특허권을 보유한 B회사의 주식가치도 상승한 것으로 보임

​③ 따라서, ◎◎연구원이 B회사의 주식가치 상승으로 얻은 이익 또한 위 4명의 직무발명에 의하여 사용자가 얻은 이익으로 볼 수 있으므로, 과세관청의 주장과 같이 위 4명의 직무발명과 B회사 주식가치의 상승 사이에 인과관계가 없다고 볼 수 없음​

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④ ​(중략)​ 따라서 당사자 사이에 위와 같은 협의가 있다면 ｢발명진흥법｣상 보상에 해당하고, 협의 당시 구체적인 보상방법, 보상비율이나 금액까지 산정해야 하는 것은 아니며, 보상방법은 보상 당시 현금이나 현물로 지급하거나 출자하는 주식 비율에 따라 이를 정산하는 등 다양한 방식이 가능하다고 할 것임

​⑤ 그런데 위 4명이 받은 보상금은 ｢발명진흥법｣에서 정한 직무보상의 구체적 절차에 따라 지급되었고, 해당 보상금의 보상액은 직무발명에 의하여 사용자가 얻을 이익과 종업원등의 공헌도를 모두 고려하여 결정된 것이라 할 것이어서,

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⑥ ｢발명진흥법｣ 규정의 요건을 모두 충족한 위 보상금은 ◎◎연구원이 B회사 주식을 매각함으로 인하여 얻은 이익에 위 4명이 공헌한 정도를 별도로 따지지 않고 그 전부가 정당한 보상으로 간주되므로,

​⑦ 이와 다른 전제에 서서 위 이익에 대한 위 4명의 공헌 정도를 산정할 수 없어 위 보상금을 직무발명보상금으로 볼 수 없다는 과세관청의 주장은 받아들일 수 없음​

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⑧ (중략) ◎◎연구원이 내부규정인 기술출자관리지침에 근거하여 ｢연구개발특구의 육성에 관한 특별법｣ 규정 및 위 지침이 마련한 보상금 지급절차에 따라 위 보상금을 지급하였으므로, (중략)

​⑨ ◎◎연구원이 위 지침조항에 따라 B회사 주식매각대금을 위 4명에 대한 보상금 지급에 우선 사용하였다고 하더라도, 위 보상금이 ｢발명진흥법｣의 요건에 부합한다면 ｢발명진흥법｣상 직무발명보상금에 해당한다고 봄이 타당하고,

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⑩ 이와 다른 전제에서 위 보상금은 ｢연구개발특구의 육성에 관한 특별법｣에 따라 지급된 것이어서 ｢발명진흥법｣상 직무발명보상금이 아니라는 과세관청의 주장은 받아들이지 않음

​A씨 등 4명은 3심 모두 과세관청을 상대로 승소했습니다.

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기본적으로 과세관청의 시각은 이랬을 것 같아요. “◎◎연구원이 B회사에 특허권을 현물출자한 후에 B회사 주식을 매각한 돈에서 보상금이 지급되었으니, 그 돈은 2종류로 나눌 수 있을 것이다.”

​“하나는 순수한 특허권 가치(위에서 기술신용보증기금이 평가한 가액)이고 나머지 하나는 주식의 시세차익이 그것일텐데, 소득세를 비과세하는 것은 특허권과 관련된 것이어야지 어떻게 주식의 시세차익까지 비과세할 수 있겠는가?” 이것 말입니다.

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하지만, 아래 포스팅(특허등록 여부가 쟁점이 된 사례)에 나오듯 ｢소득세법｣은 ‘｢발명진흥법｣에 따른 직무발명으로서 종업원이 ｢발명진흥법｣에 따라 사용자로부터 받는 보상금’을 비과세로 정하고 있을 뿐, 주식 양도에 따른 시세차익은 비과세에서 제외한다는 규정이 없죠.

(종합소득세, 직무발명보상금) 특허등록이 됐나요? 그거 비과세소득 아닙니다.

그렇다면, 법원은 A씨 등 4명이 받은 보상금이 ‘｢발명진흥법｣에 따른 직무발명으로서 종업원이 ｢발명진흥법｣에 따라 사용자로부터 받는 보상금’의 요건을 충족했는지 여부를 판단한 것이고, 충족했다고 보았습니다.

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｢소득세법｣상 직무발명보상금 비과세 여부를 판단하는 것, 그리 간단치만은 않죠?

 

“ 약은 약사에게,

세금은 세무사에게 ”

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