(최신, 부가가치세, 영세율) 2014년 3월 16일 이전의 ‘임상시험용역’이요? 그거 ‘면세’입니다.

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 임상시험 관련 부가가치세 사례 1건을 보려 해요.

최근 백신에 대한 얘기가 많죠? 그러나, 관련 사업을 하시지 않는다면 연관성을 찾기 어려운 사례로서 그 내용도 다소 어렵습니다.​

 

​지난 달인 올해 4월에 대법원의 선고가 있었습니다.

​A회사는 자신과 국외특수관계에 있는 외국법인 B회사의 신약 임상시험에 필요한 대조약(※ 기업이나 연구자가 개발하려는 의약품(시험약)의 비교 대상이 되는 의약품이라고 하네요) 용도로 사용할 국내 시판 의약품 및 소모품 등을​​

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B회사가 지정하는 국내 임상시험 실시기관에 인도하는 방법으로 B회사에게 공급하고 B회사로부터 그 대금을 외국환은행에서 원화로 수취하였습니다.

(※ 임상시험용 의약품의 보관, 관리, 배송, 수거 및 폐기, 관련문서 보관 등의 용역 관련 쟁점은 소개를 생략할게요)

​A회사는 위 의약품 등 공급을 ｢부가가치세법｣상 영세율 적용대상으로 보고 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지의 과세기간에 대한 부가가치세를 신고 · 납부하였으나,

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2017년에 과세관청이 A회사에 대한 2012~2016사업연도 법인사업자 통합조사를 실시한 결과, 위 의약품 등 공급 중 2014년 3월 16일 이전에 계약을 체결하여 임상시험 실시기관에 공급한 매출 부분은

​‘국내사업자(임상시험 실시기관)의 면세사업(임상시험용역)에 사용되는 재화여서 영세율 적용대상에 해당하지 않는다’고 보아 관련 매출액에 대하여 영세율 적용을 배제하여 A회사 앞으로 가산세를 더한 부가가치세 고지서를 보냈어요.

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과세관청은 “2014년 3월 16일 이전에는 임상시험용역을 면세사업으로 보는 과세관행이 존재하였고, ｢국세기본법｣은 이와 같은 조세법령의 해석관행을 정당한 것으로 규정하고 있다.” 라고 하면서

​“2014년 3월 16일 이전에는 면세사업으로 인지되어 단 한 차례도 부가가치세가 과세되지 아니하였던 임상시험용역에 사용되는 위 의약품 등에 대하여 영세율을 적용할 경우,

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어떠한 단계에서도 부가가치세를 과세할 수 없게 되는 부당한 결과가 되어 영세율 제도의 취지에 어긋나게 된다.” 라고 과세처분의 정당성을 설명했습니다. 과세관청이 말하는 ‘2014년 3월 16일’이 무슨 의미인지 아래 유권해석을 같이 보실까요?

​부가가치세 과세대상에 10%세율과 “0”세율이 있는 것이고 부가가치세 면세대상과 비과세대상이 있는 것이므로, 만약 면세대상이라면 절대로 영세율 대상이 될 수 없을 거예요.

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과세관청은 ‘2014년 3월 16일 이전에 계약체결된 부분은 VAT면세대상이니 영세율 적용이 불가능하다’ 라고 주장한 것입니다.

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심판청구를 거쳐 행정소송으로 온 오늘 사건의 결말은 어땠을까요?

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① (전략) 임상시험 실시기관이 수행하는 임상시험용역은 재화의 수입이나 면세의 포기와는 관련이 없고, ｢부가가치세법｣ 및 같은 법 시행령에서 정한 ‘면세하는 의료보건 용역’의 범위에도 포함되지 아니하며, 그 밖에 면세하는 규정이 존재하지 않음

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② 따라서 임상시험용역은 과세사업에 해당하는바, 결국 B회사가 지정하는 임상시험 실시기관이 수행하는 임상시험용역에 사용된 위 의약품 등은 ｢부가가치세법 시행령｣상 “외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화로서

​③ 해당 사업자의 과세사업에 사용되는 재화”로서 영세율 적용대상에 해당하고, 이와 달리 위 의약품 등이 면세 또는 비과세사업에 사용되었음을 전제로 영세율 적용을 배제한 과세관청의 과세처분은 위법함

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④ 이에 대하여 과세관청은 기획재정부의 유권해석 및 2014년 3월 16일 이전에 계약이 체결된 임상시험용역을 면세사업으로 보아 비과세하던 과세관행에 비추어, 임상시험용역에 사용된 위 의약품 등 역시 ‘과세사업에 사용되는 재화’로 볼 수 없다고 주장하나,

​⑤ (중략) 해당 사업이 과세사업인지 면세사업인지 여부는 ｢부가가치세법｣ 등 관련 법령의 규정에 따라 판단함이 타당하고, 법원이 기획재정부의 유권해석에 구속되는 것은 아니므로(대법원 1986. 10. 28. 선고 85누808 판결 등 참조),

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⑥ 임상시험용역에 대한 면세 관행을 인정한 기획재정부의 유권해석을 근거로 임상시험용역의 공급이 면세사업에 해당한다고 볼 수는 없고, 기획재정부의 유권해석일(2014년 3월 17일) 이후부터 임상시험용역을 과세하기로 기준을 변경한 것은

​⑦ 의료기관이 과거에 임상시험용역을 지속적으로 면세로 신고해 왔고, 과세관청에서도 과세한 사례가 없는 사정을 고려하여 변경된 방식의 과세기준을 정한 것일 뿐, 그 이전에 이루어진 의료기관의 임상시험용역을 ｢부가가치세법｣상 면세사업으로 간주하는 효과가 있는 것으로 볼 수는 없음

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⑧ (중략) 임상시험용역을 영위하는 사업자의 신뢰를 보호하기 위하여 과세관청이 기획재정부의 유권해석일 이전에 이루어진 임상시험용역에 대하여 면세하기로 하였더라도,

​⑨ 이로 인하여 임상시험용역에 사용되는 재화를 부가가치세법령에 반하여 과세사업에 사용되는 재화에 해당하지 않는 것으로 해석함이 허용된다고 볼 수는 없음

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⑩ (중략) 위 의약품 등의 공급과 같이 외국법인이 지정하는 국내사업자인 임상시험 실시기관에 재화를 공급하고 그 대금을 외국환은행에서 원화로 지급받을 경우 외화획득이라는 결과는

⑪ 임상시험용역이 비과세인지, 과세인지 여부에 따라 달라지지 아니하는바, 위 의약품 등을 국내사업자의 비과세사업에 사용되는 재화로 해석하여야만 영세율 제도의 취지에 부합한다는 과세관청의 주장은 받아들이기 어려움

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⑫ (중략) 세법의 해석 또는 국세행정의 관행에 따라 실제 부가가치세가 부과되었는지 여부와 무관하게 국내사업자의 사업이 부가가치세의 과세대상에 해당하는 경우라면 그 사업에 사용된 재화에 영세율을 적용한다는 것으로 해석함이 타당하므로 과세관청의 위 주장은 이유 없음 (후략)

​A회사는 위 의약품 등 공급과 관련하여 3심 모두 과세관청에게 승소했습니다.

단, 제가 소개를 생략한 ‘임상시험용 의약품의 보관, 관리, 배송, 수거 및 폐기, 관련문서 보관 등의 용역’ 관련 쟁점은 3심 모두 과세관청에게 패소했습니다.​

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부가가치세 과세, 면세와 비과세 그리고 영세율 등에 대한 고민하도록 해 준 사례였죠?

​그럼에도 불구하고 관련 사업을 하시지 않는 분들에게 오늘 세금사례의 교훈이 될 만한 사항을 찾아보자면, 바로 판결내용 ⑤라고 저는 생각해요. “법원은 기획재정부의 유권해석에 구속되지 않는다”

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자, 과세관청 입장에서 기획재정부나 국세청의 유권해석을 무시할 수 있을까요? 명백하게 잘못되었다고 판정난 것이 아니라면, 함부로 유권해석(예규)를 무시하기는 어려울 것입니다. 내부업무지침 성격이 분명 있으니까요.

​하지만, 객관적인 판단을 내리는 제3자인 사법부는 행정부의 유권해석에 구속되지 않는다는 것입니다. 제가 이 블로그에서도 유권해석이 맞았다 또는 틀렸다는 얘기를 몇 번 했었는데요 유권해석을 어떻게 봐야하는지에 대한 생각을 해 볼 수 있는 오늘의 사례였네요.​

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기우에서...... 유권해석을 완전히 무시하라는 말씀이 절대 아님은 너무나 당연하겠죠?

 

“ 약은 약사에게,

세금은 세무사에게 ”

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