(최신, 법인세, 2019년이전) 지역특구 ‘밖’에 소재하는 자산은 ‘투자’에 포함하면 안 됩니다.

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 제주첨단과학기술단지 입주기업 감면 관련 법인세 사례 1건을 보려 합니다.

 

3개월 전인 2021년 10월에 대법원의 판결이 있었어요.

​제주도에 소재하는 농업회사법인인 A회사는 제품을 연구 · 개발하여 생산 · 판매하는 사업을 영위하고 있는데, 해당 제품의 생산 과정은 경작지 ○개 필지에서 재배되는 △△나무의 파쇄된 가지를 원재료로 하여 다른 회사의 공장에서 제조하는 주문자 생산 방식으로 이루어지고 있습니다. 자, 이 경작지가 제주첨단과학기술단지 밖에 소재하는 것이 오늘의 쟁점이예요.

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A회사는 2014~2015사업연도 법인세 신고에서 ｢조세특례제한법｣에서 정한 ‘제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면’을 적용했어요.

​2016년에 과세관청은 위 사업이 ｢조세특례제한법｣상 ‘제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면’ 규정의 적용대상이 아니라고 A회사에게 안내하였고, 이에 A회사는 일단 그 안내대로 법인세를 수정신고 · 납부했습니다.

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그 후 2017년에 A회사는 과학기술정보통신부로터 ‘농림 ‧ 축수산 등 생명자원에 대한 연구개발을 통하여 인체에 유용한 제품 등을 생산하는 행위는 ｢생명공학육성법｣ 규정에 의한 생명공학과 관련된 산업에 해당한다’는 민원 회신을 받았고,

​또, 농림축산식품부로부터 ‘A회사가 수행하는 △△나무 원료 생산 기반 구축과 이를 이용한 산업화 관련 연구개발과제는 농림축산식품부의 농생명산업기술개발사업으로 지원되고 있는 연구과제임을 확인한다’는 민원 회신도 받았어요.

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이제 경정청구를 해야겠죠? A회사는 2018년에 위 2가지 민원 회신을 첨부하면서 ｢조세특례제한법｣상 ‘제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면’ 규정의 적용대상이 맞다는 취지의

​법인세 경정청구서를 제출했고, 이에 과세관청은 그 청구의 일부만 인정하여 일부 세액만 환급했습니다. 과세관청이 인정한 부분은 A회사가 제주첨단과학기술단지 안에서 취득한 사업용 자산의 취득가액 부분이예요.

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과세관청이 인정하지 않았던 나머지 부분은 제주첨단과학기술단지 밖에 소재한 경작지, 그 위에 식재된 수목 및 A회사가 위 단지 밖에서 취득한 기타자산에 관한 것으로, 그 취득가액은 감면대상이 아니라고 보았던 것입니다.

​과세관청은 “｢조세특례제한법｣에서 말하는 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’은 ‘제주첨단과학기술단지 안에서 취득한 사업용 유형자산’으로 한정되는 것이고 따라서 위 단지 밖에 소재한 위 경작지 등은 여기에 해당하지 않는다.” 라고 주장했어요.​

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분명히 과세관청의 주장이 맞다고 볼 여지가 있습니다. 그렇다면, 과연 법원의 판단은 어땠을까요?

(과세관청의 다른 주장인 ‘수목 및 제주첨단단지 외부에서 취득한 기타자산’ 투자액은 포함되지 않는다’ 와 ‘위 경작지 등을 해당 사업에 사용하였다는 사실을 A회사가 증명하였다고 볼 수 없다’ 는 주장에 대한 내용은 소개를 생략해요)

​① (전략) ｢조세특례제한법｣ 등 관련 규정의 각 입법취지를 고려하면 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’의 범위를 엄격하게 해석할 필요가 있기는 함

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② 그러나 위 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’이라는 법문을 근거 없이 그 문언 자체의 의미보다 축소해석하는 것도 역시 허용되지 아니한다고 할 것임

​③ ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’이라는 문언 자체에서 바로 장소적 요건이 도출된다고 볼 수 없고, 위 단지 밖에 소재하는 사업용 유형자산도 위 단지에 소재하는 사업장에서 발생하는 소득에 기여할 수 있으며,

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④ 특히 A회사의 사업처럼 제품의 원료가 되는 수목 및 그 경작지가 상당량 필요한 경우에는 그와 같은 유형자산이 오히려 위 단지 내의 유형자산보다도 소득 발생에 상당한 관련이 있다고 할 것인데,

​⑤ 위와 같은 소득에 대하여 법인세를 부과하면서 그 소득의 발생에 기여한 사업용 유형자산이 단지 위 단지 밖에 소재한다는 이유로 반드시 그 가액을 감면액에서 제외하지 않으면 안 된다고 할 만한 조세법원리 등의 논리적 근거가 불분명함

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⑥ 단지 입주 기업이 투자금액에 비하여 과다하게 조세감면을 받는 것을 방지한다는 입법목적을 위하여, (중략) ‘투자누계액’의 범위가 과도하게 넓어지는 것을 이미 어느 정도 방지하고 있으므로,

​⑦ 이에다가 사업용 유형자산의 장소적 요건까지 더하여 해석하지 아니하면 위와 같은 입법목적을 전혀 달성할 수 없게 된다고 단정하기 어려우므로 (중략) 위와 같은 사정들에 비추어 보면

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⑧ 과세관청이 위 법문을 ‘제주첨단과학기술단지 안에서 취득한 사업용 유형자산’으로 한정하여 해석할 만한 근거가 있다고 보기 어렵고, 오히려 과세관청이 위 규정 문언을 근거 없이 축소해석함에 따른 것으로서 위법함

​A회사는 3심 모두 승소했습니다. 소개를 생략했던 쟁점들 모두 법원은 과세관청의 주장을 배척했어요.

맨날 ‘엄격해석’만 보다가 어머 세상에나! 책에서만 보던 ‘축소해석’이라는 말을 판례에서 볼 줄이야~​

​과세관청의 세법 규정해석을 두고 ‘위법한 축소해석이다’ 라고 법원이 판단했죠? 매우 보기 드문 세금사례가 아닐까 생각해 봅니다. 제가 소개를 생략한 내용 중에는 이런 판시내용도 있었어요.

​“｢조세특례제한법 시행규칙｣이 2020년에 개정되어 ‘해당 특구 등에 소재하거나 해당 특구 등에서 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’으로 개정되어 장소적 요건이 추가되었는데,

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이로써 과세관청의 (A회사의 2014~2015사업연도 법인세 경정청구) 거부처분의 기초가 된 과세관청의 해석이 당시에도 타당하였다거나 소급하여 타당하게 된다고 볼 수 없고, 오히려 위 개정은 개정 전 법문의 해석만으로는 장소적 요건이 도출될 수 없는 까닭에 이루어진 것으로 봄이 상당하다.”

출처 : 국세청, 2020 개정세법 해설

 

오늘 사례를 두고 과세관청이 너무 복지부동한 것 아니냐는 비판은 함부로 하기 어려울 것 같아요. 위 ‘2020 개정세법 해설’ 책을 보아도, 판결내용 ①을 보아도 그러하기 때문입니다.

​어떻든 매우 신선하고 생경하네요. 이런 세법해석도, 이런 판결도 있습니다.

 

“ 약은 약사에게,

세금은 세무사에게 ”

 

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