(최신, 법인세, R&D공제) ‘기업부설연구소’에 ‘연구전담인력’까지 있는데 왜 세금공제를 부인합니까?

안녕하세요, 세금사례 연구가 이호성 세무사입니다.

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오늘은 연구인력개발비 세액공제 관련 법인세 사례 1건을 소개해 드리려 해요.

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3개월 전인 올해 8월에 제2심 고등법원 판결 후 상고 없이 확정되었습니다.

A씨는 제조업을 개인사업체로 운영하면서 2008년에 과거 ｢기술개발촉진법｣에 따라 기업부설연구소에 대하여 인정을 받았습니다. 2010년에 A씨로부터 사업양수를 받아 설립한 B회사는 법인전환에 따라 위 기업부설연구소에 대한 변경신고를 했어요.

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B회사는 2012~2015년에 법인세 신고를 하면서 ｢조세특례제한법｣에 따라 기업부설연구소의 인건비와 재료비, 소모품비를 연구인력개발비 세액공제 대상으로 보아 법인세를 공제받았습니다.

2018년에 과세관청은 B회사에 대한 세무조사를 실시한 후, B회사의 연구원들이 연구개발업무 이외에 다른 업무를 겸하여 기업부설연구소의 인건비와 재료비, 소모품비가 모두 ｢조세특례제한법 시행령｣에서 정한

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연구인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 해당하지 않는다는 등의 이유로 B회사 앞으로 각 가산세를 더한 법인세 납세고지서를 보냈고, 이에 불복한 B회사는 심판청구를 했는데, 조세심판원은 재조사 결정을 했어요.

과세관청이 재조사 후에 당초 부과처분과 동일한 내용으로 처분(재조사)결과를 B회사에게 통지하자, 이번에는 B회사가 행정소송을 제기하면서 이렇게 주장했습니다.​

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“우리 회사는 기존 제품 및 도면의 문제점을 발견하고 이를 개선, 해결하여 기술의 진전을 이루었고, 연구전담인력들은 영업, 홍보 및 양산금형 제작과는 구별되는 독자적인 연구개발활동을 하고 있고,

고객사와의 기술미팅에 참석하여 협의하거나 양산금형 제작과정에서 기술적인 문제를 지도할 수는 있으나 이는 연구개발활동의 일환에 불과하다.” 라고 하면서

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“특히 기업부설연구소에 배치한 인력 중 ◈◈◈ 등 5명은 다른 업무를 겸업하지 않은 연구전담 요원이라 할 것이므로, 적어도 이들의 인건비는 연구개발비로 인정하여야 한다.” 라고 말이죠.

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R&D 세액공제에서 단골 이슈 중에 ‘연구개발활동에 전담하였는가?’ 라는 쟁점인데요 과연 법원의 판단은 어땠을까요?

① (전략) ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령｣은 ‘기업부설연구소 또는 전담부서의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없다​’ 고 규정하고,

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② ‘해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산 · 판매 · 영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.’ 고 규정하고 있음

③ (중략) 기업부설연구소에서 근무하는 연구전담요원이나 연구보조원으로서 인건비 세액공제 대상이 되기 위해서는 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소에서 연구개발과제를 직접 수행하거나 이를 보조하는 연구업무에 종사하면서​

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④ 그 외에 다른 업무를 겸하지 아니하여야 하고, 재료비 세액공제 대상이 되는 원재료 등이란 기업부설연구소에서 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 것이어야 함

⑤ 제출된 증거자료에 의하면, B회사가 2014년에 한국산업기술진흥협회의 현지조사를 받아 기업부설연구소의 조직과 연구원에 대하여 확인을 받은 사실이 인정되나,

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⑥ (중략) 과세관청 소속 공무원이 B회사에 대한 세무조사 착수 당시 확인한 B회사의 본사건물에 게시된 2017년자 직원 현황 및 조직도에는 대표이사를 업무 총괄자로 하여 그 밑에 경영지원부문, 개발영업부문, 공장이 있고, 개발영업부문에는 개발영업 1팀, 개발영업 2팀, 설계팀이,

⑦ 공장에는 생산팀, 생산기술팀, 품질관리팀, 금형팀이 있었을 뿐 별도의 독립한 기업부설연구소의 조직이 확인되지 아니하였으며, B회사의 조직이나 업무분장이 위 직원 현황 및 조직도 작성 이전에 크게 변동되었다고 볼 다른 자료는 없음

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⑧ (중략) 과세관청은 2018년에 기업부설연구소 소장 직함을 맡은 □□□ 전무와 금형팀 △△△ 과장을 조사하면서 문답서를 작성하였는데, (중략) 조직이나 업무가 명백하게 분리된 기업부설연구소가 존재할 경우 그 구성원에 대하여 다르게 진술하기는 어려울 것으로 보임

※ 법원은 전담인력 수가 2명에 불과한 사정 등으로 보아 B회사의 기업부설연구소가 사실상 존재하지 않는다고 본 것입니다

⑨ 이러한 사정에 비추어 보면 B회사가 주장하는 연구개발 인력이 있었다 하더라도 연구업무만을 전담한 것이 아니라 영업 등 업무를 병행하였다고 볼 수 있으므로, B회사에게 기업부설연구소가 실제로 존재하여

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⑩ 그 소속 연구개발 인력이 연구업무만을 전담하였다고 보기 어렵고, 이에 반하는 증인들의 각 일부 증언은 이를 믿지 아니하여 B회사의 이 부분 주장은 이유 없음 (후략)

B회사는 두 번의 재판에서 모두 과세관청에게 패소했습니다. 재료비 등 다른 쟁점들까지 어느 하나도 법원이 B회사의 주장을 인정하지 않았어요.

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제가 소개를 생략한 법원의 판시내용 중에는 과세관청의 세무조사 당시 기업부설연구소 소속 인력으로 보이는 직원의 부서명이 ‘영업/개발’로 표기된 이유에 대한 질문을 받자,

​‘기업부설연구소 소장인 □□□ 전무는 개발 및 영업 관련 업무를 총괄하고, 그 전임자도 마찬가지이며, 개발영업팀 부서원들이 영업과 개발을 병행하는 것으로 알고 있다’ 고 진술했다고 합니다.

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또, 역시 소개해 드리지 않았던 재료비 관련 판시내용 중에, 세무조사 당시 과세관청이 위 금형팀 △△△ 과장에게 ‘외주를 주는 시점에는 실현가능성이 완료된 상황이므로 외주를 주는 행위는

​금형제품을 만들기 위한 공정 중의 하나로 보면 되는 건가요?’ 라고 질문하니까 그 직원이 ‘맞습니다’ 라고 진술하여 시제품과 관련한 재료비나 외주가공비는 없다는 취지로 진술하였다고 하고,

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과세관청이 위 □□□ 전무에게 ‘당초 금형 설계 연구가 잘못되어 다시 연구하는 경우가 있나요?’ 라는 질문을 하니 ‘금형 제작 전 설계를 하는 단계에서 어느 정도 수정하는 경우는 있고 외주를 주는 단계에서는

​연구 설계가 완료된 이후로 일부 수정은 이루어지나 다시 제작하는 경우는 없다’ 라고 진술했다고 해요. 실무적으로, B회사와 같은 경우가 적지 않다고 생각합니다. “기업에서 영업 없는 일이 세상에 어디 있답니까?”

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바로 개발팀 즉, 기업부설연구소나 전담부서 소속임에도 불구하고 영업 즉, 고객을 직접 상대하는 업무를 하는 형태를 말해요. 아래 포스팅 제목처럼 얼핏 그 경계가 애매해 보이기도 합니다. 연구개발활동을 하면서 고객이 요구하는 사항을 직접 받아 연구물에 반영할 수도 있지 않습니까?

※ 실제로 이런 반론과 항변을 굉장히 자주 듣게 됩니다.

​일견 그렇게 보실 수도 있겠으나, 오늘 판결내용과 ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 및 ｢조세특례제한법｣ 규정 등을 보면 그것이 연구연력개발비 세액공제의 적정성을 검증하는 과정에서 어떻게 영향을 미칠지 예상할 수 있겠죠? 아래의 선례들도 면밀하게 보시면 좋겠습니다.

 

“ 책을 한 권만 읽은 사람이

제일 무섭다 ”

 

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